Regjeringen besluttet høsten 1997 å igangsette et prosjekt for gjennomgang av systemene for planlegging, gjennomføring og oppfølging av store investeringsprosjekter i staten. Bakgrunnen for dette var en lang rekke negative erfaringer med kostnadsoverskridelser, forsinkelser og manglende realisering av nytteeffekter i offentlige investeringsprosjekt. Prosjektet gjennomgikk 11 konkrete investeringsprosjekter under Samferdselsdepartementet, Forsvarsdepartementet og Arbeids- og administrasjonsdepartementet. Sluttrapporten som ble levert i februar 1999 anbefalte å innføre en ordning med ekstern kvalitetssikring i beslutningsfasen av store statlige prosjekter. Hensikten skulle være å gi mer vellykkete prosjekter og mer nytte for hver krone, gjennom blant annet reduserte kostnader.

Finansdepartementet fikk ansvaret for å gjennomføre anbudskonkurranse og inngå rammeavtaler med konsulentkonstellasjoner om gjennomføring av kvalitetssikringene. Rammeavtalen ble gjeldende fra år 2000. I den første avtaleperioden omfattet avtalen kun kvalitetssikring av kostnadsoverslag og styringsunderlag for prosjekter som skulle fremlegges for Stortinget for endelig investeringsbeslutning (senere omtalt som KS2). Det ble også vedtatt at det kun var prosjekter med en forventet kostnad på over 500 mill. kroner som skulle underlegges ordningen. Investeringer i olje og gassvirksomheten offshore i regi av SDØE fikk unntak. Det samme gjaldt statlige foretak og statlig eide aksjeselskaper som selv beslutter og forvalter sine egne investeringer (herunder helseforetakene). Rene finansielle transaksjoner som aksjekjøp ble også holdt utenom idet slike faller utenfor investeringsbegrepet. I praksis var det derfor i hovedsak samferdselsprosjekter (unntatt luftfart), forsvarsprosjekter og statlige byggprosjekter som ble omfattet av ordningen, i tillegg til større IKT-prosjekter.

I forbindelse med utlysningen av nye rammeavtaler i 2004 ble ordningen justert i henhold til erfaringer fra første avtaleperiode. Den viktigste endringen var en utvidelse av ordningen til også å omfatte kvalitetssikring av konseptvalget før beslutning om videreføring av prosjektet til forprosjekt. Bakgrunnen for utvidelsen var en erkjennelse av at valget av konsept er den viktigste beslutningen for staten som prosjekteier. Med konseptvalget menes den konseptuelle løsning man velger for å dekke et samfunnsbehov. Andre rammeavtaleperiode gjaldt fra juni 2005 og ut 2010, og innebar altså en ordning med to kontrollpunkter; KS1 og KS2. Tredje rammeavtaleperiode gjaldt fra 2011 til 2015.

I disse tre periodene ble det gjennomført om lag 230 kvalitetssikringer, hvorav om lag en tredel KS1 og de øvrige KS2. Kun 34 prosjekter har til nå vært gjennom både KS1 og KS2. Samferdselsprosjekter utgjør over halvparten av  antallet kvalitetssikrede prosjekter.

Fjerde og någjeldende rammeavtale ble inngått i september 2015 for to år, med opsjon på to års forlengelse. Denne rammeavtalen er i hovedsak en videreføring av foregående rammeavtale. Les mer om de gjeldende kravene til innhold i kvalitetssikringene her.

KS-ordningen er omtalt i ulike stortingsproposisjoner en rekke ganger, se for eksempel St.prp. nr. 1 (1998-1999), (1999-2000) og (2004-2005).