Totalt ble det benyttet 18 forskjellige spørreskjema i basisundersøkelsen i HUNT3 i tidsrommet fra 3. oktober 2006 til 25. juni 2008. I UNG-HUNT3  ble det benyttet ett omfattende skjema på samme måte som i UNG-HUNT1 i 1995-97. Voksne deltakere har fylt ut et felles skjema kalt spørreskjema 1 (Q1), og de fikk utdelt ett spørreskjema 2 (Q2) avhengig av alder og kjønn. I tillegg kunne voksne få utdelt ett eller flere Q3. Alle voksne som ikke møtte i januar 2009 fikk tilsendt et spørreskjema med noen sentrale helse- og livsstilsvariabler, og spørsmål om hvorfor de ikke møtte.

Klikk her for en oversikt over alle spørreskjema som er brukt i HUNT-undersøkelsene.

Det er foretatt kliniske målinger og intervju av deltakere i HUNT3. For voksne er det foretatt måling av høyde, vekt, livvidde, hoftevidde, blodtrykk og puls. I tillegg er det foretatt måling av beinmasse og spirometri av et utvalg. Voksne er intervjuet om yrke (yrkesklassifisering) og helserelatert yrkeseksponering, og kvinner er intervjuet om forhold knyttet til svangerskap, fødsel og amming. Ungdom har også blitt målt, med høyde, vekt, blodtrykk, puls og spirometri.

Biologisk materiale innsamlet i HUNT3 omfatter blodprøve av alle voksne (fem glass av forskjellig kvalitet), urinprøve av utvalg (ferskfrosset), og munnslimhinneavskrap av ungdom (DNA-kilde). Innsamling av biologisk materiale har vært den største nysatsningen i HUNT3. Resultatet er en biobank av høy internasjonal standard.

Det har i tillegg blitt gjennomført en rekke tilleggsundersøkelser i HUNT3. Dette har skjedd i samarbeid med flere forskningsmiljø ved NTNU. Noen foretok datainnsamling da HUNT3-deltakerne møtte fram til basisundersøkelsen. Disse har blitt benevnt fase 1-undersøkelser. Andre har invitert HUNT3-deltakere til nye undersøkelser, kalt fase 2-undersøkelser. Noen få av disse undersøkelsene pågår fortsatt. En oversikt over disse undersøkelsene:

Fase 1 (ved oppmøte på undersøkelsesstasjon):

• Ultralydundersøkelse av hjerte for å finne normalverdier for vevsdoppler-parametre
• Kondisjonstest med måling av maksimum oksygenopptak på tredemølle
• Analyse av microalbuminuri og nyrefunksjon med urinprøver og spørreskjema

Fase 2 (tilleggsundersøkelser etter at basisdelen var gjennomført):

• Hodepineundersøkelse - valideringsintervju av spørreskjema
• Søvn og smerte - valideringsintervju av spørreskjema
• Hodetraume - valideringsintervju av spørreskjema
• Alkohol - valideringsintervju av spørreskjema
• Muskel- og skjelettlidelser - oppfølging etter 12 måneder gjennom telefonintervju
• MRI-undersøkelse av hjernen
• Diabetesprosjektet DE-Plan - blodprøver, glukosebelastningstest, intervensjon med omlegging av kosthold og fysisk aktivitet
• Diabetes-, syn- og øyetest
• Kognitiv funksjon - utprøving av WAIS-test
• Utvikling av smerter - oppfølging med spørreskjema
• Tannhelse