Faglig innhold

Kurset vil gi en introduksjon til bioinformatiske metoder og verktøy for dataflyt brukt i analyse av Next Generation Sequencing (NGS) data. Hovedvekt vil bli lagt analyse av transkribert kodende og ikke-kodende RNA fra RNA-Seq, og transkripsjonsfaktorer og epigenetiske markører fra ChIP-Seq. Kurset vil dekke typiske strategier, metoder og dataflyt brukt i analyse av slike data. Dette inkluderer mapping til referansegenom, identifisering av interessante elementer og statistisk analyse. I tillegg vil biologisk tolkning av resultatene fra slike analyser bli presentert gjennom studier fra vitenskapelige tidsskrifter.

Læringsutbytte

Etter fullført emne skal studenten kunne:
1. Lage og gjennomføre dataflyt prosedyrer for de introduserte emnene
2. Ha en oversikt over typiske verktøy som brukes for ulike oppgaver i NGS
3. Ha en oversikt over typiske biologiske problemstillinger man studerer ved bruk av NGS
4.Kunne assistere i design og implementering av NGS studier på sin egen arbeidsplass.

Læringsformer og aktiviteter

På grunn av mulige tilreisende studenter, vil kurset begynne med en ukes intensiv undervisning, etterfulgt av en lengre periode med selvstudium og prosjektarbeid. Deretter vil studentene møtes igjen for presentering av sitt prosjekt. Evalueringen av prosjektarbeidet vil fungere som eksamen, og vil bli gitt karakterene bestått/ikke bestått.

Obligatoriske aktiviteter

• Oppmøte på forelesninger
• Fremlegg

Anbefalte forkunnskaper

Påmeldte studenter bør ha kjennskap til høy-nivå programmeringsspråk for skriving av enkle skript, for eksempel Python, R og Matlab. Grunnleggende kjennskap til anvendt bioinformatikk er også anbefalt.

Forkunnskapskrav

Mastergrad i relevante fagområder. Fullført medisinstudium (uten turnus) eller medisinstudenter tatt opp på Forskerlinjen. Andre med annen / lavere kompetanse etter individuell vurdering.

Kursmateriell

Vitenskapelige publikasjoner. Handouts av forelesninger.