Faglig innhold

Metabolisme (stoffskifte) er et komplett sett av livsnødvendige kjemiske reaksjoner som skjer i levende celler. Metabolomics er det systematiske studiet av metabolske profiler i biologiske prøver og vev. Det er den nyeste av ”omics” metodene, og er et komplementært verktøy til genomics og proteomics innenfor systembiologi.

Kurset skal gi deltakerne en innføring i metabolomics. Formålene er å gi deltakerne kjennskap til avanserte NMR og MS metoder, inkludert praktisk erfaring i prosessering og analyse av slike data, brukt i metabolomics.
Teoretiske og praktiske aspekter ved disse metodene, inkludert prøvepreparering, data innsamling, prosessering og videre analyse vil bli gjennomgått.
Kurset vil også dekke NMR og MS basert metabolomics anvendt på mange forskjellige prøvetyper. Krav, informasjonsinnhold, i tillegg til styrker og svakheter i metabolomics vil også bli gjennomgått.
Betydningen av metabolomics i biologisk og medisinsk forskning samt klinisk bruk vil bli illustrert.

Læringsutbytte

Emnet skal gi en grundig innføring i prinsipper for metabolomics, bruksområder, metodevalg og forsøksplanlegging, i tillegg til krav og begrensninger. Emnet skal også gi inngående kunnskap og praktiske ferdigheter innen spesifikke anvendelser, inkludert bruk av dataverktøy for analyse og etterbehandling.

Mer spesifikt:
NMR teori med spesiell fokus på eksperimenter brukt i metabolomics:
1D/2D NMR, Høyoppløselig magic angle spinning MRS (HR MAS MRS), Vann undertrykking, Spinn-ekko, J-oppløst spektroskopi.

MS teori med fokus på eksperimenter brukt i metabolomics:
GC og LC, Ioniseringsteknikker, Type massespektrometer for kvalitative og kvantitative analyser.

Dataprosessering.
Identifisering av metabolitter og biomarkører.
Multivariat analyse.

Metabolomics:
Omics teknikker generelt, og metabolomics betydning, Prøvepreparering,
Metabolomics av kroppsvæsker, vev og celler.

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger, gruppearbeid med gjennomgang av relevante artikler og praktiske demonstrasjoner/øvinger. Det tas forbehold om minimum 4 deltagere for å arrangere kurset. Hvis ingen engelskspråklige studenter deltar vil store deler av kurset bli undervist på norsk.

Kurset planlegges gjennomført som et intensivkurs, til sammen 6 fulle dager fordelt på 2 uker. Disse ukene kan enten være påfølgende uker, eller med noen ukers mellomrom.
Arbeidsbelastningen skal knyttes til følgende aktiviteter:
- forelesninger (32 timer)
- øvinger (gruppearbeid som resulterer i skriftlig oppsummering som gjøres mellom de to intensivukene + presentasjon siste uke, 10 timer)
- laboratoriearbeid (16 timer)
- selvstudium (130 timer)
- hjemmeeksamen


Oppmøte på forelesninger, øvinger og lab er obligatorisk, og en forutsetning for å få gjennomføre hjemmeeksamen.

Obligatoriske aktiviteter

• Forelesninger
• Lab
• Øvinger

Anbefalte forkunnskaper

Noe praktisk/teoretisk kunnskap innen høyoppløselig kjernemagnetisk resonans spektroskopi (NMR/MRS), gass/væske kromatografi (GC/LC) og massespektrometri (MS).

Forkunnskapskrav

Utdanning tilsvarende mastergradnivå / høyskole. Medisinerstudenter opptatt på Forskerlinjen. Andre med redusert kompetanse etter individuell vurdering.

Kursmateriell

Undervisningsmateriell vil bli lagt ut på It's learning.