Emne - Bioinformatikk og Forsøksplanlegging og dataanalyse, fordypningsemne - TBT4507
Bioinformatikk og Forsøksplanlegging og dataanalyse, fordypningsemne
Om
Om emnet
Faglig innhold
Forsøksplanlegging og dataanalyse:-Usikkerhetsanalyse,-Hypotesetesting,-Enkel og Multippel lineær regresjon,-Forsøksplanlegging med to-nivå faktoriell forsøk,-Variansanalyse (ANOVA),-Ikke-parametriske metoder,-IBM SPSS for statistisk analyse.
Bioinformatikk: introduksjon til feltet bioinformatikk, som dekker genomsekvenseringsmetoder, genomsamling, sekvensjustering, evolusjon av gensekvenser, proteinstrukturer, annotering av proteinfunksjoner og relevante verktøy og databaser. Utvikling av Python-programmeringsferdigheter ved bruk av Jupyter-miljøet.
Læringsutbytte
Forsøksplanlegging og dataanalyse: Studenten har kunnskap om de grunnleggende statistiske modeller og metoder som benyttes innen naturvitenskap og teknologi. Studenten kan tolke resultater av hypotesetesting, regresjonsanalyse, forsøksplanlegging, variansanalyse og ikke-parametriske metoder. Studenten kan bruke dataprogrammer for statistiske beregninger og analyser.
Bioinformatikk: Studenten forstår genomsekvenseringsmetoder og deres begrensninger. Studenten kan anvende beregningsverktøy for genomsamling og annotering. Studenten kan forklare prinsippene og anvendelsene av sekvensjustering. Studenten kan trekke ut informasjon fra bioinformatiske databaser og skrive Python-skript for å behandle og analysere flere typer data. Studenten kan kombinere data fra forskjellige bioinformatiske databaser for å analysere funksjonen til gener og proteiner.
Læringsformer og aktiviteter
Forsøksplanlegging og dataanalyse: Forelesninger (24 t), øvinger (8 t) og selvstudium (64 t).
Bioinformatikk: Ukentlige forelesninger (8 x 3 timer) fordelt på teori (1 time) og dataøvelser (2 timer). Gruppeprosjekt og hjemmearbeid (selvstudium).
Obligatoriske aktiviteter
- Øvinger statistikk
Mer om vurdering
Forsøksplanlegging og dataanalyse: Antall øvinger er 4, alle må være godkjent for å gå opp til eksamen. Skriftlig eksamen (3t).
Bioinformatikk: Gruppeprosjekt med gruppepresentasjon og individuell rapport.
Hver karaktergivende del (skriftlig eksamen i Forsøksplanlegging og dataanalyse, prosjektet i Bioinformatikk) teller 50 % av karakteren i emnet.
Både prosjektet og skriftlig eksamen må være bestått for å få bestått i emnet.
Ved utsatt eksamen kan skriftlig eksamen bli endret til muntlig eksamen. Ved stryk eller gjentak kan studenter velge å ta bare én av vurderingsdelene på nytt.
Anbefalte forkunnskaper
Forsøksplanlegging og dataanalyse: Grunnkurs i Statistikk fra BSc.
Bioinformatikk: Introduksjon til Python (TDT4110 eller tilsvarende), Celle- og molekylærbiologi (BI1001 eller tilsvarende), Biokjemi (TBT4102 eller tilsvarende).
Kursmateriell
Probability and Statistics for Engineers and Scientists (9th Edition) by Ronald E. Walpole.
Bioinformatikk: forelesningsslides og dokumentasjon for relevante verktøy og databaser (gitt under forelesningene).
Studiepoengreduksjon
| Emnekode | Reduksjon | Fra |
|---|---|---|
| TBT4506 | 3,7 sp | Høst 2020 |
| TBT4508 | 3,7 sp | Høst 2020 |
| MATV4008 | 3,7 sp | Høst 2020 |
| BT2100 | 3,7 sp | Høst 2026 |
Fagområder
- Teknologiske fag