Faglig innhold

Emnet gir en innføring i hvordan systembiologiske metoder brukes til å modellere og analysere cellulære nettverk, med spesiell fokus på (1) stokastisk og deterministisk beskrivelse av enkle gen-regulerings kretser, (2) protein interaksjons nettverk og (3) cellulær metabolisme på genom nivå. Studentene vil tilegne seg materialet gjennom forelesninger, praktiske øvingsoppgaver og PC-basert lab. Det legges vekt på en tverrfaglig presentasjon og arbeidsform, slik at emnet skal kunne følges både av informatikere, biologer, kjemikere og fysikere.

Læringsutbytte

Ved avsluttet undervisning skal studentene kunne:
- Forklare grunnleggende begrep, modeller og statistiske mål for å karakterisere egenskaper til generelle nettverk, samt bruke programmet Cytoscape til å analysere empiriske nettverk.
- Forklare og konstruere modeller for små genetiske kretser, analysere deres egenskaper, samt beherske programmet Dizzy for stokastiske simuleringer.
- Gjøre rede for organiseringen og konstruksjon av genom-skala metabolske nettverk, forklare prinsippene for constraint-based analysis (spesielt Flux Balance Analysis), samt beherske COBRA toolbox i MatLab for numerisk analyse av empiriske modeller.

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger, oppgaver og øvinger (PC-lab). Emnet undervises på engelsk.

Obligatoriske aktiviteter

• Øvinger

Anbefalte forkunnskaper

Basiskunnskaper i molekylærbiologi tilsvarende TBT4145 Molekylærgenetikk, statistikk tilsvarende ST0103 Brukerkurs i statistikk. Noe erfaring i programmering.

Kursmateriell

Oppgis ved kursstart.