course-details-portlet

TBT4165 - Systembiologi og biologiske nettverk

Om emnet

Vurderingsordning

Vurderingsordning: Mappevurdering
Karakter: Bokstavkarakterer

Vurdering Vekting Varighet Delkarakter Hjelpemidler
Hjemmeeksamen 50/100 3 timer
Arbeider 50/100 D

Faglig innhold

Emnet gir en innføring i hvordan systembiologiske metoder brukes til å modellere og analysere cellulære nettverk, med sterk relevanse for syntetisk biologi og iGEM konkurransen. Faget har spesiell fokus på (1) biologiske interaksjons nettverk og (2) cellulær metabolisme på genom nivå. Studentene vil tilegne seg materialet gjennom forelesninger og praktiske prosjektoppgaver ved å bruke oppdatert software i en PC-basert lab. Det legges vekt på en tverrfaglig presentasjon og arbeidsform, slik at emnet skal kunne følges både av informatikere, biologer, kjemikere og fysikere.

Læringsutbytte

Ved avsluttet undervisning skal studentene kunne:

  • Forklare grunnleggende begrep, modeller og statistiske mål for å karakterisere egenskaper til generelle nettverk, samt bruke programmet Cytoscape til å analysere empiriske nettverk.
  • Forklare grunnleggende begreper, prinsipper og metoder innen metabolic engineering.
  • Gjøre rede for organiseringen og konstruksjon av genom-skala metabolske nettverk, forklare prinsippene for constraint-based analysis (spesielt Flux Balance Analysis), samt beherske programmeringsverktøy some bruker COBRA funksjoner for numerisk analyse av empiriske modeller.

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger og prosjektoppgaver (PC-lab). Emnet undervises på engelsk.

Obligatoriske aktiviteter

  • Øvinger
  • Datalab

Mer om vurdering

Mappeevaluering gir grunnlag for sluttkarakter i emnet. I mappen inngår skriftlig eksamen (50 %) og arbeider (50 %). Resultatet for delene angis i %-poeng. Vurdering for hele mappen (sluttkarakteren) angis med bokstavkarakter. Ved utsatt eksamen må hele mappen tas opp. Ved utsatt eksamen kan også skriftlig eksamen bli endret til muntlig eksamen.

Spesielle vilkår

Obligatorisk aktivitet fra tidligere semester kan godkjennes av instituttet.

Forkunnskapskrav

Grunnleggende programmering i python, tilsvarende TDT4110: IT grunnkurs.

Kursmateriell

B.O.Palsson "Systems Biology: Constraint-based Reconstruction and Analysis" 2nd edition (2015). A.-L. Barabási "Network Science" (2016). Kompendium.

Flere sider om emnet

Ingen

Fakta om emnet

Versjon: 1
Studiepoeng:  7.5 SP
Studienivå: Høyere grads nivå

Undervisning

Termin nr.: 1
Undervises:  VÅR 2022

Undervisningsspråk: Engelsk

Sted: Trondheim

Fagområde(r)
  • Biofysikk
  • Bioinformatikk
  • Biologi
  • Bioteknologi
  • Teknologiske fag
Kontaktinformasjon
Emneansvarlig/koordinator: Faglærer(e):

Ansvarlig enhet
Institutt for bioteknologi og matvitenskap

Eksamensinfo

Vurderingsordning: Mappevurdering

Termin Statuskode Vurdering Vekting Hjelpemidler Dato Tid Eksamens- system Rom *
Vår ORD Arbeider 50/100 D INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
Vår ORD Hjemme-eksamen (1) 50/100

Utlevering
11.05.2022

Innlevering
11.05.2022


09:00


12:00

INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
Sommer UTS Arbeider 50/100 D INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
Sommer UTS Hjemme-eksamen 50/100 INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
  • * Skriftlig eksamen plasseres på rom 3 dager før eksamensdato. Hvis mer enn ett rom er oppgitt, finner du ditt rom på Studentweb.
  • 1) Merk at eksamensform er endret som et smittevernstiltak i den pågående koronasituasjonen.
Eksamensinfo

For mer info om oppmelding til og gjennomføring av eksamen, se "Innsida - Eksamen"

Mer om eksamen ved NTNU