Faglig innhold

Kurset vil gi en introduksjon til bioinformatiske metoder og verktøy for dataflyt brukt i analyse av Next Generation Sequencing (NGS) data. Hovedvekt vil bli lagt analyse av transkribert kodende og ikke-kodende RNA fra RNA-Seq, og transkripsjonsfaktorer og epigenetiske markører fra ChIP-Seq. Kurset vil dekke typiske strategier, metoder og dataflyt brukt i analyse av slike data. Dette inkluderer mapping til referansegenom, identifisering av interessante elementer og statistisk analyse. I tillegg vil biologisk tolkning av resultatene fra slike analyser bli presentert gjennom studier fra vitenskapelige tidsskrifter.

Læringsutbytte

Knowledge

• Explain the basic mechanisms of transcription, gene regulation and miRNA regulation
• Describe the concept behind Next Generation sequencing methods for RNA-Seq, ChIP-Seq and miRNA-Seq
• Describe the basic bioinformatics workflows for RNA-Seq (including isoform analysis), ChIP-Seq and miRNA-Seq

Skills

• Setup and run a NGS processing pipeline for analysis of sequencing data
• Interpretate results from NGS analysis using basics statistics and standard online bioinformatics tools
• Present setup and results from an NGS data analysis project in form of a Scientific Paper

Competence

• Recognise what types of research questions that can addressed by NGS analysis
• Assist in design and implementation of an NGS experiment in the participants own workplace or research facility.
• Conduct and explain analysis of NGS data from a hypothesis driven standpoint and an explorative standpoint

Læringsformer og aktiviteter

På grunn av mulige tilreisende studenter, vil kurset begynne med en ukes intensiv undervisning, etterfulgt av en lengre periode med selvstudium og prosjektarbeid. Evalueringen av prosjektarbeidet vil fungere som eksamen, og vil bli gitt karakterene bestått/ikke bestått.

Obligatoriske aktiviteter

• Oppmøte på forelesninger

Anbefalte forkunnskaper

Påmeldte studenter bør ha kjennskap til høy-nivå programmeringsspråk for skriving av enkle skript, for eksempel Python, R og Matlab. Grunnleggende kjennskap til anvendt bioinformatikk er også anbefalt.

Forkunnskapskrav

Mastergrad i relevante fagområder. Fullført medisinstudium (uten turnus) eller medisinstudenter tatt opp på Forskerlinjen. Andre med annen / lavere kompetanse etter individuell vurdering.

Kursmateriell

Vitenskapelige publikasjoner. Handouts av forelesninger.