course-details-portlet

MOL3022 - Bioinformatikk - metodeorientert prosjekt

Om emnet

Vurderingsordning

Vurderingsordning: Oppgave
Karakter: Bestått/Ikke bestått

Vurderingsform Vekting Varighet Hjelpemidler Delkarakter
Oppgave 100/100 A

Faglig innhold

Emnet gir en praktisk og teoretisk introduksjon til sentrale metoder innenfor bioinformatikk, inkludert sekvenssøking, parvis og multippel alignment, fylogenetisk analyse, genprediksjon, ontologi-baserte analyser, motivoppdaging og strukturprediksjon. Studentene får prøve ut de ulike metodene på realistiske problemstillinger gjennom PC-baserte øvinger. Studentene vil også gjennomføre et metodeorientert prosjekt som belyser teorien bak noen sentrale metoder. En individuell rapport fra implementering av en selvvalgt metode vil være basis for karaktersetting. Emnet retter seg særlig mot studenter med informatikk-bakgrunn som ønsker en introduksjon til sentrale metoder som brukes til å analysere molekylærbiologiske data. Kurset overlapper med MOL3021, med unntak av prosjektoppgaven.

Læringsutbytte

Etter fullført og bestått emne skal studenten kunne:
• forklare hovedprinsippene i viktige algoritmer og metoder brukt i bioinformatiske verktøy, inkludert dynamisk programmering, skjulte Markovmodeller og neurale nett
• forklare funksjon og bruk av viktige bioinformatiske verktøy, særlig verktøy for analyser på sekvensnivå (genom, gen, RNA og protein)
• beskrive viktige formater for lagring og utveksling av bioinformatiske data
• beskrive innhold og bruk av viktige bioinformatiske databaser og web-portaler
• anvende bioinformatiske verktøy og databaser til å analysere relevante molekylærbiologiske data

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger og øvinger (PC-lab). Undervisningen blir gitt intensivt over 2 uker i vårsemesteret, og inkluderer innledende arbeid med prosjektoppgaven. Undervisningen foregår på engelsk.

Obligatoriske aktiviteter

  • Øvinger

Mer om vurdering

Vurderingen gjøres på basis av prosjektoppgaven. Det er mulig å få tilbakemelding på prosjektarbeidet og rapporten før innlevering. For eventuell ny vurdering i påfølgende semester må det leveres en ny rapport, og tema for prosjektet må være forskjellig fra det foregående prosjektet.

Undervisningen blir gitt på engelsk. Eksamen må også besvares på engelsk.

Spesielle vilkår

Vurderingsmelding krever godkjent undervisningsmelding samme semester. Obligatorisk aktivitet fra tidligere semester kan godkjennes av instituttet.

Kursmateriell

Oppgis ved semesterstart.

Studiepoengreduksjon

Emnekode Reduksjon Fra Til
MOL3021 7.5 01.09.2015
MOL3019 7.5 01.09.2016
MTEK3001 7.5 01.09.2016
BT3220 3.7 01.09.2018
Flere sider om emnet

Ingen

Fakta om emnet

Versjon: 1
Studiepoeng:  7.5 SP
Studienivå: Høyere grads nivå

Undervisning

Termin nr.: 1
Undervises:  VÅR 2021

Forelesningstimer: 3
Øvingstimer: 3
Fordypningstimer: 6

Undervisningsspråk: Engelsk

Sted: Trondheim

Fagområde(r)
  • Molekylærmedisin
  • Medisinsk teknologi
  • Bioinformatikk
  • Biologi
  • Bioteknologi
  • Informatikk
  • Medisin
Kontaktinformasjon
Emneansvarlig/koordinator: Faglærer(e):

Ansvarlig enhet
Institutt for klinisk og molekylær medisin

Telefon:

Eksamensinfo

Vurderingsordning: Oppgave

Termin Statuskode Vurderings-form Vekting Hjelpemidler Dato Tid Digital eksamen Rom *
Vår ORD Oppgave 100/100 A INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
  • * Skriftlig eksamen plasseres på rom 3 dager før eksamensdato. Hvis mer enn ett rom er oppgitt, finner du ditt rom på Studentweb.
Eksamensinfo

For mer info om oppmelding til og gjennomføring av eksamen, se "Innsida - Eksamen"

Mer om eksamen ved NTNU