Faglig innhold

Emnet gir en praktisk introduksjon til sentrale metoder innenfor bioinformatikk, inkludert sekvenssøking, parvis og multippel alignment, fylogenetisk analyse, genprediksjon, ontologi-baserte analyser, motivoppdaging og strukturprediksjon. Studentene får prøve ut de ulike metodene på realistiske problemstillinger gjennom PC-baserte øvinger. Studentene vil også gjennomføre en prosjektoppgave der ulike metoder kombineres. En individuell rapport fra dette prosjektet vil være basis for karaktersetting. Emnet retter seg særlig mot studenter med molekylærbiologisk bakgrunn som ønsker å bruke bioinformatikk i en anvendt sammenheng, for eksempel til å analysere egne data.

Emnet overlapper med MOL3022, med unntak av prosjektoppgaven.

Læringsutbytte

Etter fullført og bestått emne skal studenten kunne:

• forklare funksjon og bruk av viktige bioinformatiske verktøy, særlig verktøy for analyser på sekvensnivå (genom, gen, RNA og protein)
• beskrive viktige formater for lagring og utveksling av bioinformatiske data
• beskrive innhold og bruk av viktige bioinformatiske databaser og web-portaler
• anvende bioinformatiske verktøy og databaser til å analysere relevante molekylærbiologiske data
• anvende relevante bioinformatiske verktøy og databaser i egne prosjekter

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger og øvinger (PC-lab). Undervisningen blir gitt intensivt over 2 uker i vårsemesteret, og inkluderer innledende arbeid med prosjektoppgaven.

Undervisningen foregår på engelsk.

Obligatoriske aktiviteter

• Øvinger

Anbefalte forkunnskaper

Basiskunnskaper i molekylærbiologi, statistikk og informatikk.

Kursmateriell

Oppgis ved semesterstart.

Studiepoengreduksjon