course-details-portlet

BT8118 - Analyse av Metabolske Spor

Om emnet

Undervises ikke studieåret 2020/2021

Faglig innhold

Dette kurset gir en 1-ukers intensiv introduksjon til datamodellering, analyse og rekonstruksjon av både små og genom-skala metabolske nettverk. Målet er å gi studentene kunnskap om siste nytt innen datamodelleringsverktøy og databaser, i tillegg til å gi studentene praktisk erfaring. Videre vil vi dekke den matematiske basisen for optimiseringsbasert analyse av genom-skala metabolske modeller og gi et fundament for stabilitets og kontrollanalyse av dynamiske modeller.

Første del av kurset (2.5 dater) vil dekke emnene: organisering av metabolske nettverk, deres rekonstruksjon og den matematiske basisen for optimiseringsmetoder i metabolsk analyse. Vi benytter COBRA verktøykassen i Matlab og/eller COBRApy for python. Vi vil også diskutere tilgjengelige metoder for data integrasjon.

Andre del av kurset (2.5 dager) vil dekke emnene: rekonstruksjon og analyse av små, mekanistiske modeller av metabolske spor som muliggjør modellering av dynamiske egenskaper i systemet. I denne sammenheng vil vi gi en introduksjon til stabilitets- og kontrollanalyse.

Læringsutbytte

– Forklare struktur og organisering av metabolske modeller

– Kunnskap om relevante databaser

– Evne til å rekonstruere metabolske modeller

– Forklare basal prinsippene i metabolsk optimiseringsmetodikk

– Forklare stabilitets og kontrollanalyse

– Ferdigheter i å benytte COBRA verktøykassen i matlab for genomskala modellering

– Forklare begrensninger i liten og genom-skala metabolsk analyse

– Kunnskap om verktøy for dataintegrering

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger, presentasjon og praktiske data øvinger. Emnet undervises på engelsk og som et intensivt fag i løpet av 1 uke i semesteret.

Obligatoriske aktiviteter

  • Øvinger

Mer om vurdering

Prosjektrapport (10 sider) som vil bli evaluert til bestått / ikke-bestått.

Spesielle vilkår

Vurderingsmelding krever godkjent undervisningsmelding samme semester. Obligatorisk aktivitet fra tidligere semester kan godkjennes av instituttet.

Kursmateriell

Kursmateriell blir annonsert til registrerte deltakere i forkant av kurs oppstart.

Flere sider om emnet

Ingen

Fakta om emnet

Versjon: 1
Studiepoeng:  7.5 SP
Studienivå: Doktorgrads nivå

Undervisning

Ingen

Undervisningsspråk: Engelsk, Norsk

Sted: Trondheim

Fagområde(r)
  • Bioteknologi
  • Teknologiske fag
Kontaktinformasjon

Eksamensinfo

  • * Skriftlig eksamen plasseres på rom 3 dager før eksamensdato. Hvis mer enn ett rom er oppgitt, finner du ditt rom på Studentweb.
Eksamensinfo

For mer info om oppmelding til og gjennomføring av eksamen, se "Innsida - Eksamen"

Mer om eksamen ved NTNU