course-details-portlet

BT2100 - Beregningsbasert bioteknologi

Om emnet

Vurderingsordning

Vurderingsordning: Skriftlig skoleeksamen
Karakter: Bokstavkarakterer

Vurdering Vekting Varighet Delkarakter Hjelpemidler
Skriftlig skoleeksamen 100/100 3 timer D

Faglig innhold

Målet med dette kurset er å forberede bioteknologiske studenter til et stadig mer beregningsbasert arbeidsmarked. De siste årene har vi vært vitne til flere teknologiske fremskritt innen multi-omics-tilnærminger med høy gjennomstrømning, som genererer enorme mengder data og flytter flaskehalsen i utviklingen av nye bioteknologiske applikasjoner fra våtlaboratoriet til datamaskinen (så kalt tørr-lab). Dette målet er også i tråd med NTNUs visjon om å øke digital styrke i utdanning og forskning.

Innholdet i emnet stammer fra tett sammenkoblede felt, nemlig bioinformatikk, beregningsbiologi, systembiologi og datavitenskap. Pensum er delt inn i to hoveddeler:

Del I - Fra sekvenser til funksjoner:

  • Historien om genomsekvensering
  • Metoder for genomannotering
  • Sekvensjusteringer og fylogenetiske trær
  • Proteinstrukturer og domener
  • Funksjonell annotering og ontologier

Del II - Fra funksjoner til systemer:

  • Multi-omics-teknologier
  • Dataanalyse og visualisering
  • Biologiske nettverk og reaksjonsveier
  • Reaksjonsvei-anrikelse analyse
  • Modellering av biologiske systemer

Læringsutbytte

  • Lær historien om bioinformatikk og beregningsbiologi.
  • Forstå genomsekvenseringsmetoder og deres begrensninger.
  • Bruk beregningsverktøy for genommontering og annotering.
  • Forklar prinsippene og anvendelsene for sekvensjustering.
  • Pakk ut informasjon fra bioinformatikkdatabaser ved hjelp av kommandolinjeverktøy.
  • Utvikle skript for å behandle og analysere forskjellige typer datasett.
  • Kombiner forskjellige datakilder for å analysere funksjonen til gener og proteiner.
  • Forstå funksjonene og begrensningene til flere omics-teknologier.
  • Kontekstualisere mangfoldig informasjon ved hjelp av biologiske veier.
  • Lag matematiske modeller av enkle biologiske systemer.

Læringsformer og aktiviteter

Undervisningen vil bestå av:

  • Forelesninger: 3 t/uke (teori og aktiv diskusjon)
  • Datalab: 3 t/uke (programmeringsøvelser)
  • Prosjekter og selvstudier: ca 6 t/uke

Obligatoriske aktiviteter

  • Gruppeprosjekt 1
  • Gruppeprosjekt 2

Mer om vurdering

Evalueringen vil bestå av 2 deler:

  • To gruppeprosjekt, obligatorisk, ikke gradert.
  • Avsluttende skriftlig eksamen.

Spesielle vilkår

Obligatorisk aktivitet fra tidligere semester kan godkjennes av instituttet.

Kursmateriell

Vil bli oppgitt ved kursstart.

Flere sider om emnet

Ingen

Fakta om emnet

Versjon: 1
Studiepoeng:  7.5 SP
Studienivå: Videregående emner, nivå II

Undervisning

Termin nr.: 1
Undervises:  VÅR 2023

Undervisningsspråk: Engelsk

Sted: Trondheim

Fagområde(r)
  • Bioteknologi
Kontaktinformasjon
Emneansvarlig/koordinator:

Ansvarlig enhet
Institutt for bioteknologi og matvitenskap

Timeplan

Listevisning
Kalendervisning

Eksamensinfo

Vurderingsordning: Skriftlig skoleeksamen

Termin Statuskode Vurdering Vekting Hjelpemidler Dato Tid Eksamens- system Rom *
Høst ORD Skriftlig skoleeksamen 100/100 D 20.12.2022 15:00 INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
Vår ORD Skriftlig skoleeksamen 100/100 D 07.06.2023 15:00 INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
  • * Skriftlig eksamen plasseres på rom 3 dager før eksamensdato. Hvis mer enn ett rom er oppgitt, finner du ditt rom på Studentweb.
Eksamensinfo

For mer info om oppmelding til og gjennomføring av eksamen, se "Innsida - Eksamen"

Mer om eksamen ved NTNU