Emne - Beregningsbasert bioteknologi - BT2100
BT2100 - Beregningsbasert bioteknologi
Om emnet
Vurderingsordning
Vurderingsordning: Skriftlig skoleeksamen
Karakter: Bokstavkarakterer
Vurdering | Vekting | Varighet | Delkarakter | Hjelpemidler |
---|---|---|---|---|
Skriftlig skoleeksamen | 100/100 | 3 timer | D |
Faglig innhold
Målet med dette kurset er å forberede bioteknologiske studenter til et stadig mer beregningsbasert arbeidsmarked. De siste årene har vi vært vitne til flere teknologiske fremskritt innen multi-omics-tilnærminger med høy gjennomstrømning, som genererer enorme mengder data og flytter flaskehalsen i utviklingen av nye bioteknologiske applikasjoner fra våtlaboratoriet til datamaskinen (så kalt tørr-lab). Dette målet er også i tråd med NTNUs visjon om å øke digital styrke i utdanning og forskning.
Innholdet i emnet stammer fra tett sammenkoblede felt, nemlig bioinformatikk, beregningsbiologi, systembiologi og datavitenskap. Pensum er delt inn i to hoveddeler:
Del I - Fra sekvenser til funksjoner:
- Historien om genomsekvensering
- Metoder for genomannotering
- Sekvensjusteringer og fylogenetiske trær
- Proteinstrukturer og domener
- Funksjonell annotering og ontologier
Del II - Fra funksjoner til systemer:
- Multi-omics-teknologier
- Dataanalyse og visualisering
- Biologiske nettverk og reaksjonsveier
- Reaksjonsvei-anrikelse analyse
- Modellering av biologiske systemer
Læringsutbytte
- Lær historien om bioinformatikk og beregningsbiologi.
- Forstå genomsekvenseringsmetoder og deres begrensninger.
- Bruk beregningsverktøy for genommontering og annotering.
- Forklar prinsippene og anvendelsene for sekvensjustering.
- Pakk ut informasjon fra bioinformatikkdatabaser ved hjelp av kommandolinjeverktøy.
- Utvikle skript for å behandle og analysere forskjellige typer datasett.
- Kombiner forskjellige datakilder for å analysere funksjonen til gener og proteiner.
- Forstå funksjonene og begrensningene til flere omics-teknologier.
- Kontekstualisere mangfoldig informasjon ved hjelp av biologiske veier.
- Lag matematiske modeller av enkle biologiske systemer.
Læringsformer og aktiviteter
Undervisningen vil bestå av:
- Forelesninger: 3 t/uke (teori og aktiv diskusjon)
- Datalab: 3 t/uke (programmeringsøvelser)
- Prosjekter og selvstudier: ca 6 t/uke
Obligatoriske aktiviteter
- Gruppeprosjekt 1
- Gruppeprosjekt 2
Mer om vurdering
Evalueringen vil bestå av 2 deler:
- To gruppeprosjekt, obligatorisk, ikke gradert.
- Avsluttende skriftlig eksamen.
Spesielle vilkår
Obligatorisk aktivitet fra tidligere semester kan godkjennes av instituttet.
Anbefalte forkunnskaper
TDT4110 Informasjonsteknologi, grunnkurs eller lignende innføringskurs til programmering (python).
Kursmateriell
Vil bli oppgitt ved kursstart.
Ingen
Versjon: 1
Studiepoeng:
7.5 SP
Studienivå: Videregående emner, nivå II
Termin nr.: 1
Undervises: VÅR 2023
Undervisningsspråk: Engelsk
Sted: Trondheim
- Bioteknologi
Ansvarlig enhet
Institutt for bioteknologi og matvitenskap
Eksamensinfo
Vurderingsordning: Skriftlig skoleeksamen
- Termin Statuskode Vurdering Vekting Hjelpemidler Dato Tid Eksamens- system Rom *
- Høst ORD Skriftlig skoleeksamen 100/100 D 20.12.2022 15:00 INSPERA
-
Rom Bygning Antall kandidater - Vår ORD Skriftlig skoleeksamen 100/100 D 07.06.2023 15:00 INSPERA
-
Rom Bygning Antall kandidater
- * Skriftlig eksamen plasseres på rom 3 dager før eksamensdato. Hvis mer enn ett rom er oppgitt, finner du ditt rom på Studentweb.
For mer info om oppmelding til og gjennomføring av eksamen, se "Innsida - Eksamen"