Emre Yaksi
Forskning
Om oss (www.yaksilab.com)
Vårt hovedmål er å undersøke hvordan sanseinformasjon samhandler med de indre dynamikkene i forhjernen, og hvordan disse prosessene påvirkes av erfaring og indre tilstander.
Vår forskning dekker tre hovedområder:
Kjemosensoriske beregninger: Vi har vist at lukteatferd hos sebrafisk varierer mellom individer, og at luktprøving gjennom begge nesebor forbedrer sensorisk koding. Vi har også vist at erfaringsavhengig plastisitet forbedrer lukt-diskriminering gjennom mekanismer som bakgrunnssubtraksjon og kontrastforsterkning.
Integrering og modulasjon av sanseinformasjon: De siste ti årene har vi fokusert på sensoriske beregninger i habenula, et nav-lignende hjerneområde knyttet til forsvars- og tilpasningsatferd, og som er involvert i stemningslidelser. Vi har funnet at habenula aktiveres av flere sensoriske signaler og består av distinkte nevrale grupper som dannes på ulike utviklingsstadier, noe som korrelerer med økt kognitiv kapasitet. Våre resultater viser at forstyrrelser i habenula-spesifikke mGluR-reseptorer svekker prosessering av forsvarsatferd, og at fjerning av habenula hemmer læring og integrering av ny informasjon. Vi har også identifisert habenula som et sentralt knutepunkt som integrerer signaler fra eldgamle kortiko-limbiske områder og sensoriske systemer. Nylig har vi vist at et nedstrøms mål for habenula, den dorsale raphe, har topografisk organiserte forbindelser fra forhjernen som modulerer sensoriske responser på en bevegelsesavhengig måte.
Astroglia-nevron-interaksjoner ved hjerneekstabilitet og epileptiske anfall: Vi har vist at interaksjoner mellom astroglia og nevroner er avgjørende for å opprettholde nevral eksitabilitet og kontrollere spredning av anfall. Vi oppdaget at forstyrrelser i astrogliale glutamattransportører fører til økt nettverkseksitabilitet og spontane, tilbakevendende anfall.
Se våre tidligere publikasjoner her: https://yaksilab.com/publications/
Fremtidige retninger – Evolusjon av kortikale beregninger:
Vi retter nå fokuset mot å forstå arkitekturen og de beregningsmessige prinsippene i pallium, den evolusjonære forløperen til den pattedyrkorteks. I løpet av de kommende årene har vi som mål å identifisere de cellulære komponentene, den strukturelle organiseringen og de beregningsmessige strategiene i sebrafiskens pallium, og undersøke hvordan dette hjerneområdet regulerer tilpasningsatferd og kognitive funksjoner.
Metoder vi bruker:
Vårt laboratorium benytter et tverrfaglig sett med metoder for å undersøke dynamikken i forhjernen og prosessering av sanseinformasjon, inkludert:
- To-foton mikroskopi for høyoppløselig avbildning av nevral aktivitet
- Optogenetikk for å manipulere spesifikke nevrale kretsløp med lys
- Elektrofysiologiske målinger for å registrere nevronal eksitabilitet og synaptisk funksjon
- Anvendt matematikk for å analysere store nevrale og atferdsdata
- Molekylær genetikk for å studere genfunksjon og utvikle transgene linjer
- Atferdsanalyser for å koble nevral aktivitet til dyreatferd
Publikasjoner
2025
-
Ostenrath, Anna Maria;
Ricarda, Bardenhewer,;
Ekin, Dongel Dayanc,;
Anja, Enz,;
Nicholas, Faturos,;
Francisca, Hinrichsen,.
(2025)
Inhibition mediated by group III metabotropic glutamate receptors regulates habenula activity and defensive behaviors | Nature Communications.
Nature Communications
Vitenskapelig artikkel
-
Mutlu, Aytac Kadir;
Serneels, Bram;
Wiest, Christoph;
Trinh, Anh-Tuan;
Bardenhewer, Ricarda;
Palumbo, Fabrizio.
(2025)
Topographically organized dorsal raphe activity modulates forebrain sensory-motor computations and adaptive behaviors.
BioRxiv
Vitenskapelig artikkel
-
Ostenrath, Anna Maria;
Faturos, Nicholas;
Çobanoğlu, Yağnur Işık Çiftci;
Serneels, Bram;
Jeong, Inyoung;
Dayanc, Ekin Dongel.
(2025)
Inhibition mediated by group III metabotropic glutamate receptors regulates habenula activity and defensive behaviors.
Nature Communications
Vitenskapelig artikkel
-
Trinh, Anh-Tuan;
Ostenrath, Anna Maria;
Castillo-Berges, Ignacio del;
Kraus, Susanne;
Cachin, Fanchon;
Serneels, Bram.
(2025)
Hierarchical processing of sensory information across topographically organized thalamocortical-like circuits in the zebrafish brain.
BioRxiv
Vitenskapelig artikkel
2024
-
Yuste, Rafael;
Cossart, Rosa;
Yaksi, Emre.
(2024)
Neuronal ensembles: Building blocks of neural circuits.
Neuron
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
2022
-
Myren-Svelstad, Sverre;
Jamali, Ahmed;
Ophus, Sunniva Sofie;
Dgama, Percival Paul Menino;
Ostenrath, Anna Maria;
Mutlu, Aytac Kadir.
(2022)
Elevated photic response is followed by a rapid decay and depressed state in ictogenic networks.
Epilepsia
Vitenskapelig artikkel
2021
-
Bartoszek-Kandler, Ewelina Magdalena;
Ostenrath, Anna Maria;
Jetti, Suresh Kumar;
Serneels, Bram;
Mutlu, Aytac Kadir;
Chau, Khac Thanh Phong.
(2021)
Ongoing habenular activity is driven by forebrain networks and modulated by olfactory stimuli.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Yaksi, Emre;
Jamali, Ahmed;
Verdugo, Carmen Diaz;
Jurisch-Yaksi, Nathalie.
(2021)
Past, present and future of zebrafish in epilepsy research.
The FEBS Journal
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Dgama, Percival Paul Menino;
Qiu, Tao;
Cosacak, Mehmet Ilyas;
Rayamajhi, Dheeraj;
Konac, Ahsen;
Hansen, Jan Niklas.
(2021)
Diversity and function of motile ciliated cell types within ependymal lineages of the zebrafish brain.
Cell reports
Vitenskapelig artikkel
-
Hotz, Adriana L.;
Jamali, Ahmed;
Rieser, Nicolas N.;
Niklaus, Stephanie;
Aydin, Ecem;
Myren-Svelstad, Sverre.
(2021)
Loss of glutamate transporter eaat2a leads to aberrant neuronal excitability, recurrent epileptic seizures, and basal hypoactivity.
Glia
Vitenskapelig artikkel
-
Palumbo, Fabrizio;
Serneels, Bram;
Yaksi, Emre.
(2021)
Optimized protocol for conditioned place avoidance learning in juvenile zebrafish.
STAR Protocols
Vitenskapelig artikkel
2020
-
Kermen, Florence;
Darnet, Lea;
Wiest, Christoph;
Palumbo, Fabrizio;
Bechert, Jack;
Uslu, Ozge.
(2020)
Stimulus-specific behavioral responses of zebrafish to a large range of odors exhibit individual variability.
BMC Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Jurisch-Yaksi, Nathalie;
Yaksi, Emre;
Kizil, Caghan.
(2020)
Radial glia in the zebrafish brain: Functional, structural, and physiological comparison with the mammalian glia.
Glia
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Kermen, Florence;
Lal, Pradeep;
Faturos, Nicholas Guy;
Yaksi, Emre.
(2020)
Interhemispheric connections between olfactory bulbs improve odor detection.
PLoS Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Palumbo, Fabrizio;
Serneels, Bram;
Pelgrims, Robbrecht;
Yaksi, Emre.
(2020)
The Zebrafish dorsal habenula is required for updating learned behaviors.
Cell reports
Vitenskapelig artikkel
2019
-
Olstad, Emilie Willoch;
Ringers, Christa;
Hansen, Jan Niklas;
Wens, Adinda;
Brandt, Cecilia;
Wachten, Dagmar.
(2019)
Ciliary beating compartmentalizes cerebrospinal fluid flow in the brain and regulates ventricular development.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
2018
-
Jurisch-Yaksi, Nathalie;
Yaksi, Emre.
(2018)
Nathalie Jurisch-Yaksi and Emre Yaksi.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Bergboer, JGM;
Wyatt, Cameron;
Austin-Tse, C;
Yaksi, Emre;
Drummond, IA.
(2018)
"Assaying sensory ciliopathies using calcium biosensor expression in zebrafish ciliated olfactory neurons".
Cilia
Vitenskapelig artikkel
2017
-
Reiten, Ingrid;
Uslu, Fazil Emre;
Forè, Stèphanie;
Pelgrims, Robbrecht;
Ringers, Christa;
Verdugo, Carmen Diaz.
(2017)
Motile-cilia-mediated flow improves sensitivity and temporal resolution of olfactory computations.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
2016
-
Yaksi, Emre;
Poirazi, Panayiota;
Hanganu-Opatz, Ileana.
(2016)
The road to independence: How to get funding in neuroscience.
European Journal of Neuroscience
Leder
2015
-
Wyatt, Cameron;
Bartoszek, Ewelina;
Yaksi, Emre.
(2015)
Methods for studying the zebrafish brain: Past, present and future.
European Journal of Neuroscience
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
Tidsskriftspublikasjoner
-
Ostenrath, Anna Maria;
Ricarda, Bardenhewer,;
Ekin, Dongel Dayanc,;
Anja, Enz,;
Nicholas, Faturos,;
Francisca, Hinrichsen,.
(2025)
Inhibition mediated by group III metabotropic glutamate receptors regulates habenula activity and defensive behaviors | Nature Communications.
Nature Communications
Vitenskapelig artikkel
-
Mutlu, Aytac Kadir;
Serneels, Bram;
Wiest, Christoph;
Trinh, Anh-Tuan;
Bardenhewer, Ricarda;
Palumbo, Fabrizio.
(2025)
Topographically organized dorsal raphe activity modulates forebrain sensory-motor computations and adaptive behaviors.
BioRxiv
Vitenskapelig artikkel
-
Ostenrath, Anna Maria;
Faturos, Nicholas;
Çobanoğlu, Yağnur Işık Çiftci;
Serneels, Bram;
Jeong, Inyoung;
Dayanc, Ekin Dongel.
(2025)
Inhibition mediated by group III metabotropic glutamate receptors regulates habenula activity and defensive behaviors.
Nature Communications
Vitenskapelig artikkel
-
Trinh, Anh-Tuan;
Ostenrath, Anna Maria;
Castillo-Berges, Ignacio del;
Kraus, Susanne;
Cachin, Fanchon;
Serneels, Bram.
(2025)
Hierarchical processing of sensory information across topographically organized thalamocortical-like circuits in the zebrafish brain.
BioRxiv
Vitenskapelig artikkel
-
Yuste, Rafael;
Cossart, Rosa;
Yaksi, Emre.
(2024)
Neuronal ensembles: Building blocks of neural circuits.
Neuron
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Myren-Svelstad, Sverre;
Jamali, Ahmed;
Ophus, Sunniva Sofie;
Dgama, Percival Paul Menino;
Ostenrath, Anna Maria;
Mutlu, Aytac Kadir.
(2022)
Elevated photic response is followed by a rapid decay and depressed state in ictogenic networks.
Epilepsia
Vitenskapelig artikkel
-
Bartoszek-Kandler, Ewelina Magdalena;
Ostenrath, Anna Maria;
Jetti, Suresh Kumar;
Serneels, Bram;
Mutlu, Aytac Kadir;
Chau, Khac Thanh Phong.
(2021)
Ongoing habenular activity is driven by forebrain networks and modulated by olfactory stimuli.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Yaksi, Emre;
Jamali, Ahmed;
Verdugo, Carmen Diaz;
Jurisch-Yaksi, Nathalie.
(2021)
Past, present and future of zebrafish in epilepsy research.
The FEBS Journal
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Dgama, Percival Paul Menino;
Qiu, Tao;
Cosacak, Mehmet Ilyas;
Rayamajhi, Dheeraj;
Konac, Ahsen;
Hansen, Jan Niklas.
(2021)
Diversity and function of motile ciliated cell types within ependymal lineages of the zebrafish brain.
Cell reports
Vitenskapelig artikkel
-
Hotz, Adriana L.;
Jamali, Ahmed;
Rieser, Nicolas N.;
Niklaus, Stephanie;
Aydin, Ecem;
Myren-Svelstad, Sverre.
(2021)
Loss of glutamate transporter eaat2a leads to aberrant neuronal excitability, recurrent epileptic seizures, and basal hypoactivity.
Glia
Vitenskapelig artikkel
-
Palumbo, Fabrizio;
Serneels, Bram;
Yaksi, Emre.
(2021)
Optimized protocol for conditioned place avoidance learning in juvenile zebrafish.
STAR Protocols
Vitenskapelig artikkel
-
Kermen, Florence;
Darnet, Lea;
Wiest, Christoph;
Palumbo, Fabrizio;
Bechert, Jack;
Uslu, Ozge.
(2020)
Stimulus-specific behavioral responses of zebrafish to a large range of odors exhibit individual variability.
BMC Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Jurisch-Yaksi, Nathalie;
Yaksi, Emre;
Kizil, Caghan.
(2020)
Radial glia in the zebrafish brain: Functional, structural, and physiological comparison with the mammalian glia.
Glia
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Kermen, Florence;
Lal, Pradeep;
Faturos, Nicholas Guy;
Yaksi, Emre.
(2020)
Interhemispheric connections between olfactory bulbs improve odor detection.
PLoS Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Palumbo, Fabrizio;
Serneels, Bram;
Pelgrims, Robbrecht;
Yaksi, Emre.
(2020)
The Zebrafish dorsal habenula is required for updating learned behaviors.
Cell reports
Vitenskapelig artikkel
-
Olstad, Emilie Willoch;
Ringers, Christa;
Hansen, Jan Niklas;
Wens, Adinda;
Brandt, Cecilia;
Wachten, Dagmar.
(2019)
Ciliary beating compartmentalizes cerebrospinal fluid flow in the brain and regulates ventricular development.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Jurisch-Yaksi, Nathalie;
Yaksi, Emre.
(2018)
Nathalie Jurisch-Yaksi and Emre Yaksi.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Bergboer, JGM;
Wyatt, Cameron;
Austin-Tse, C;
Yaksi, Emre;
Drummond, IA.
(2018)
"Assaying sensory ciliopathies using calcium biosensor expression in zebrafish ciliated olfactory neurons".
Cilia
Vitenskapelig artikkel
-
Reiten, Ingrid;
Uslu, Fazil Emre;
Forè, Stèphanie;
Pelgrims, Robbrecht;
Ringers, Christa;
Verdugo, Carmen Diaz.
(2017)
Motile-cilia-mediated flow improves sensitivity and temporal resolution of olfactory computations.
Current Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Yaksi, Emre;
Poirazi, Panayiota;
Hanganu-Opatz, Ileana.
(2016)
The road to independence: How to get funding in neuroscience.
European Journal of Neuroscience
Leder
-
Wyatt, Cameron;
Bartoszek, Ewelina;
Yaksi, Emre.
(2015)
Methods for studying the zebrafish brain: Past, present and future.
European Journal of Neuroscience
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
Undervisning
Emner
Formidling
2022
-
PosterLal, Pradeep; Fiskum, Vegard; Kermen, Florence; Ostenrath, Anna Maria; Palumbo, Fabrizio; Jurisch-Yaksi, Nathalie. (2022) The role of GnRH3 neurons in modulating olfactory computations and odor induced feeding behaviors. Imaging Structure and Function of the Zebrafish Brain Conference , Trondheim 30.07.2022 - 01.08.2022
2019
-
Vitenskapelig foredragMyren-Svelstad, Sverre; Verdugo, Carmen Diaz; Deneubourg, Celine; Pelgrims, Robbrecht; Muto, Akira; Kawakami, Koichi. (2019) Glia-neuron interactions underlie state transitions to generalized seizures. 5th Congress of the European Academy of Neurology , Oslo 29.06.2019 - 02.07.2019
-
IntervjuMyren-Svelstad, Sverre; Verdugo, Carmen Diaz; Jurisch-Yaksi, Nathalie; Yaksi, Emre; Brandslet, Steinar. (2019) Hjernens forsvar bryter sammen ved epilepsi. Gemini.no Gemini.no [null] 23.08.2019
2018
-
Vitenskapelig foredragYaksi, Emre. (2018) "Glia-neuron Interactions underlie state transition to generalized seizures". Gordon Research Conference, “Mechanisms of Epilepsy and Neuronal Synchronization”, Vermoent-USA, 19-22 August 2018 19.08.2018 - 22.08.2018
-
Vitenskapelig foredragYaksi, Emre. (2018) "Use of zebrafish as a model animal to study sensory computations, emotions, and Learning". 48th Annual Scand-LAS Meeting Kristiansand, Norway from 26-28 April 2018. 26.04.2018 - 28.04.2018
-
Vitenskapelig foredragYaksi, Emre. (2018) "Studying the function and connectivity of habenular networks in zebrafish brain". Oxford University, 16-17 April 2018 16.04.2018 - 17.04.2018
-
PosterOlstad, Emilie Willoch; Ringers, Christa; Hansen, Jan; Wens, Adinda; Brandt, Cecilia; Wachten, Dagmar. (2018) Spatially organized ciliary beating compartmentalizes cerebrospinal fluid flow in the brain and regulates ventricular development. 5th Imaging Structure and Function in the Zebrafish Brain Conference 2018 , Brighton 30.11.2018 - 02.12.2018
-
Vitenskapelig foredragYaksi, Emre. (2018) "Studying the function and connectivity of habenular networks in zebrafish brain, RIKEN CBS, Summer School “Untangling the Mysterious Brain: Cognition, Memory and Consciousness”, Tokyo-Japan, 12-14 July 2018". Studying the function and connectivity of habenular networks in zebrafish brain, 12.07.2018 - 14.07.2018
-
Vitenskapelig foredragYaksi, Emre. (2018) "Studying the functional development of habenular circuits” Imaging Structure and Function in Zebrafish Brain Conference, Brighton-UK, 30 Nov, 2 Dec 2018". Studying the functional development of habenular circuits” 30.11.2018 - 02.12.2018
-
PosterOlstad, Emilie Willoch; Ringers, Christa; Hansen, Jan; Wens, Adinda; Yaksi, Emre; Jurisch-Yaksi, Nathalie. (2018) Cilia-driven flow in the zebrafish brain ventricles. EMBO cilia meeting 02.10.2018 - 05.10.2018
-
PosterMyren-Svelstad, Sverre; Verdugo, Carmen Diaz; Deneubourg, Celine; Pelgrims, Robbrecht; Jurisch-Yaksi, Nathalie; Yaksi, Emre. (2018) Homeostatic interactions within neuron-glia networks underlie state transitions to generalized seizures. American Epilepsy Society Annual Meeting , New Orleans 30.11.2018 - 04.12.2018
-
Vitenskapelig foredragYaksi, Emre. (2018) "Studying the function and connectivity of habenular networks in zebrafish brain, FENS Forum 2018, Berlin-Germany, 7-11 July 2018". Studying the function and connectivity of habenular networks in zebrafish brain, 07.07.2018 - 11.07.2018
-
Faglig foredragOlstad, Emilie Willoch; Ringers, Christa; Yaksi, Emre; Jurisch-Yaksi, Nathalie. (2018) The function of motile-cilia driven flow in the nervous system. zebrafish PI meeting 2018 20.02.2018 - 23.02.2018
-
Faglig foredragOlstad, Emilie Willoch; Ringers, Christa; Hansen, Jan; Wens, Adinda; Brandt, Cecilia; Wachten, Dagmar. (2018) The function of motile-cilia driven flow in the nervous system. cilia 2018 02.10.2018 - 06.10.2018
-
PosterPalumbo, Fabrizio; Pelgrims, Robbrecht; Yaksi, Emre. (2018) Studying conditioned place avoidance in juvenile zebrafish. 11th FENS Fprum of Neuroscience , Berlin 07.07.2018 - 11.07.2018
2017
-
PosterLal, Pradeep; Kermen, Florence; Palumbo, Fabrizio; Pelgrims, Robbrecht; Yaksi, Emre. (2017) Gondotropin-releasing hormone (GnRH) neuromodulation of olfactory computaions in zebrafish brain. The 10th European Zebrafish Meeting 03.07.2017 - 07.07.2017
2015
-
Intervju
2014
-
IntervjuYaksi, Emre. (2014) A new star on the Kavli sky. universitetsavisa universitetsavisa [Internet] 23.10.2014