Åsmund Flobak
Om
Prosjektleder for NFR-prosjektet PRESORT og koordinator for ERAPerMed-prosjektet ONCOLOGICS. Medlem av studieledelse nasjonalt og lokal utprøver for IMPRESS-Norway ved St Olavs hospital.
For en kortfattet introduksjon til forskningsprosjektet DrugLogics se introduksjonsfilmen "Can computers help cure cancer?" - https://www.youtube.com/watch?v=N4NzEyo_HQo
Stilling
Forsker ved NTNU. Lege ved Kreftklinikken St Olavs hospital.
Forskningsinteresse: Cellebiologisk og molekylærbiologisk forståelse av kreftsykdom. Molekylært styrt kreftbehandling. Funksjonell persontilpasset kreftbehandling.
Undervisning
Medisin: Foreleser termin IA og IC. Tidligere: PBL-veileder medisin. Gruppeveileder i konsultasjonsteknikk for termin IIID.
Emneansvarlig MOL3007 Funksjonell genomforskning (2017). Emneansvarlig medisin termin IIC og IID 2020.
Nominert 2017, 2018, 2019 og 2020 til prisen "Årets underviser" for medisinstudentene ved NTNU. Tildelt prisen "Årets underviser" for medisinstudentene 2019.
Bakgrunn
Cand. med 2005 fra NTNU. Master i bionanoteknologi 2007-2013 fra NTNU. Turnuslege 2006-2007 i Levanger/Verdal. Lege i spesialisering ved Kreftavdelingen i Trondheim 2009, ved Røntgenavdelingen i Ålesund 2010-2011. Stipendiat ved Insitutt for kreftforskning og molekylær medisin ved NTNU 2011-2015. Post.doc ved NTNU 2016-2020. Lege ved Kreftklinkken St Olavs Hospital fra 2016. Førsteamanuensis NTNU 2020. Forsker NTNU fra 2020.
Prosjekt
Jeg studerer hvilke mekanismer i en kreftcelle som gir den mulighet til å vokse, uten å respektere signaler fra sine omgivelser som ville hemmet normale cellers vekst. Alle celler i kroppen mottar hele tiden signaler fra omverdenen, og flere av disse kan enten virke stimulerende eller hemmende for videre vekst. Slike signaler fanges opp av cellen og sendes via signalkjeder inn til cellekjernen. Akkurat som i trafikken i Trondheim er det mange veier slike signaler kan følge, og akkurat som i Trondheim finnes det hovedveier, krysningspunkter og snarveier. Mange detaljer er kjent rundt hvilke veier som finnes. En stor utfordring i grunnleggende kreftforskning i dag er å forstå hvordan veiene henger sammen, hvordan kartet ser ut, og hvordan trafikken påvirkes av endringer i veinettet.
I kreftceller er det proteiner og andre kjemiske stoffer som utgjør veinettet hvor signaler kan sendes fra ett sted i cellen til et annet. Jeg jobber med kreftceller fra tykktarmskreft, og ser på mulighetene til å analysere signaltrafikken i cellene ved hjelp av datamodeller og datasimulering, for å se hvilke proteiner som er avgjørende for at en kreftcelle kan nekte å respektere signaler fra omgivelsene, og for å identifisere proteiner som egner seg som målproteiner for kreftmedisiner.
PRESORT-prosjektet under Digitalt Liv Norge: https://digitallifenorway.org/prosjekter/druglogics
Se også
Forskningsrådet side for PRESORT-prosjektet
NRK-oppslag om ERA PerMed-prosjektet OncoLogics
HealthTalk Debatten: Hvordan lykkes vi med presisjonsmedisin for kreft
HealthTalk: Stor nasjonal kreftstudie med presisjonsmedisin er i gang (engelsk)
Publikasjoner
2022
-
Zobolas, John;
Monteiro, Pedro T.;
Kuiper, Martin;
Flobak, Åsmund.
(2022)
Boolean function metrics can assist modelers to check and choose logical rules.
Journal of Theoretical Biology
Vitenskapelig artikkel
2021
-
Touré, Vasundra;
Flobak, Asmund;
Niarakis, Anna;
Vercruysse, Steven;
Kuiper, Martin.
(2021)
The status of causality in biological databases: data resources and data retrieval possibilities to support logical modeling.
Briefings in Bioinformatics
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Flobak, Åsmund.
(2021)
IMPRESS-Norway presentert ved Onkologisk Forum 2020.
Onkonytt
Populærvitenskapelig artikkel
2020
-
Comte, Blandine;
Baumbach, Jan;
Benis, Arriel;
Basílio, José;
Debeljak, Nataša;
Flobak, Åsmund.
(2020)
Network and Systems Medicine: Position Paper of the European Collaboration on Science and Technology Action on Open Multiscale Systems Medicine.
Network and Systems Medicine
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Tsirvouli, Eirini;
Touré, Vasundra;
Niederdorfer, Barbara;
Vazquez Garcia, Miguel;
Flobak, Åsmund;
Kuiper, Martin.
(2020)
A middle-out modeling strategy to extend a colon cancer logical model improves drug synergy predictions in epithelial-derived cancer cell lines.
Frontiers in Molecular Biosciences
Vitenskapelig artikkel
-
Zobolas, John;
Kuiper, Martin;
Flobak, Åsmund.
(2020)
emba: R package for analysis and visualization of biomarkers in boolean model ensembles.
Journal of Open Source Software (JOSS)
Intervju tidsskrift
-
Zobolas, John;
Kuiper, Martin;
Flobak, Åsmund.
(2020)
emba: R package for analysis and visualization of biomarkers in boolean model ensembles.
Journal of Open Source Software (JOSS)
Vitenskapelig artikkel
-
Touré, Vasundra;
Vercruysse, Steven;
Acencio, Marcio Luis;
Lovering, Ruth C.;
Orchard, Sandra;
Bradley, Glyn.
(2020)
The Minimum Information about a Molecular Interaction Causal Statement (MI2CAST).
Bioinformatics
Vitenskapelig artikkel
-
Folkesson, Evelina;
Niederdorfer, Barbara;
To, Vu;
Thommesen, Liv;
Klinkenberg, Geir;
Lægreid, Astrid.
(2020)
High-throughput screening reveals higher synergistic effect of MEK inhibitor combinations in colon cancer spheroids
.
Scientific Reports
Vitenskapelig artikkel
-
Niederdorfer, Barbara;
Touré, Vasundra;
Vazques, Miguel;
Thommesen, Liv;
Kuiper, Martin Tremen R.;
Lægreid, Astrid.
(2020)
Strategies to Enhance Logic Modeling-Based Cell Line-Specific Drug Synergy Prediction.
Frontiers in Physiology
Vitenskapelig artikkel
-
Sofias, Alexandros Marios;
Toner, Yohana C.;
Meerwaldt, Anu E.;
van Leent, Mandy M. T.;
Soultanidis, Georgios;
Elschot, Mattijs.
(2020)
Tumor Targeting by αvβ3-Integrin-Specific Lipid Nanoparticles Occurs via Phagocyte Hitchhiking.
ACS Nano
Vitenskapelig artikkel
2019
-
Flobak, Åsmund;
Niederdorfer, Barbara;
To, Vu;
Thommesen, Liv;
Klinkenberg, Geir;
Lægreid, Astrid.
(2019)
A high-throughput drug combination screen of targeted small molecule inhibitors in cancer cell lines.
Scientific Data
Vitenskapelig artikkel
-
Menden, Michael Patrick;
Wang, Dennis;
Mason, Mike J.;
Szalai, Bence;
Bulusu, Krishna C.;
Guan, Yuanfang.
(2019)
Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen.
Nature Communications
Vitenskapelig artikkel
2017
-
Flobak, Åsmund.
(2017)
Mutasjoner, arv og miljø.
Onkonytt
Populærvitenskapelig artikkel
-
Flobak, Åsmund;
Garcia, Miguel Vazquez;
Lægreid, Astrid;
Valencia, Alfonso.
(2017)
CImbinator: a web-based tool for drug synergy analysis in small- and large-scale datasets.
Bioinformatics
Vitenskapelig artikkel
2015
-
Flobak, Åsmund.
(2015)
Fant to nye kombinasjoner av kreftmedisiner.
Nettsider (opplysningsmateriale)
-
Flobak, Åsmund;
Baudot, Anaïs;
Remy, Elisabeth;
Thommesen, Liv;
Thieffry, Denis;
Kuiper, Martin.
(2015)
Discovery of Drug Synergies in Gastric Cancer Cells Predicted by Logical Modeling.
PLoS Computational Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Tripathi, Sushil;
Flobak, Åsmund;
Chawla, Konika;
Baudot, Anaïs;
Bruland, Torunn;
Thommesen, Liv.
(2015)
The gastrin and cholecystokinin receptors mediated signaling network: a scaffold for data analysis and new hypotheses on regulatory mechanisms.
BMC Systems Biology
Vitenskapelig artikkel
2014
-
Flobak, Åsmund.
(2014)
Kombinasjonsbehandling – veien til bedre kreftbehandling for den enkelte?.
Nettsider (opplysningsmateriale)
Tidsskriftspublikasjoner
-
Zobolas, John;
Monteiro, Pedro T.;
Kuiper, Martin;
Flobak, Åsmund.
(2022)
Boolean function metrics can assist modelers to check and choose logical rules.
Journal of Theoretical Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Touré, Vasundra;
Flobak, Asmund;
Niarakis, Anna;
Vercruysse, Steven;
Kuiper, Martin.
(2021)
The status of causality in biological databases: data resources and data retrieval possibilities to support logical modeling.
Briefings in Bioinformatics
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Flobak, Åsmund.
(2021)
IMPRESS-Norway presentert ved Onkologisk Forum 2020.
Onkonytt
Populærvitenskapelig artikkel
-
Comte, Blandine;
Baumbach, Jan;
Benis, Arriel;
Basílio, José;
Debeljak, Nataša;
Flobak, Åsmund.
(2020)
Network and Systems Medicine: Position Paper of the European Collaboration on Science and Technology Action on Open Multiscale Systems Medicine.
Network and Systems Medicine
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Tsirvouli, Eirini;
Touré, Vasundra;
Niederdorfer, Barbara;
Vazquez Garcia, Miguel;
Flobak, Åsmund;
Kuiper, Martin.
(2020)
A middle-out modeling strategy to extend a colon cancer logical model improves drug synergy predictions in epithelial-derived cancer cell lines.
Frontiers in Molecular Biosciences
Vitenskapelig artikkel
-
Zobolas, John;
Kuiper, Martin;
Flobak, Åsmund.
(2020)
emba: R package for analysis and visualization of biomarkers in boolean model ensembles.
Journal of Open Source Software (JOSS)
Intervju tidsskrift
-
Zobolas, John;
Kuiper, Martin;
Flobak, Åsmund.
(2020)
emba: R package for analysis and visualization of biomarkers in boolean model ensembles.
Journal of Open Source Software (JOSS)
Vitenskapelig artikkel
-
Touré, Vasundra;
Vercruysse, Steven;
Acencio, Marcio Luis;
Lovering, Ruth C.;
Orchard, Sandra;
Bradley, Glyn.
(2020)
The Minimum Information about a Molecular Interaction Causal Statement (MI2CAST).
Bioinformatics
Vitenskapelig artikkel
-
Folkesson, Evelina;
Niederdorfer, Barbara;
To, Vu;
Thommesen, Liv;
Klinkenberg, Geir;
Lægreid, Astrid.
(2020)
High-throughput screening reveals higher synergistic effect of MEK inhibitor combinations in colon cancer spheroids
.
Scientific Reports
Vitenskapelig artikkel
-
Niederdorfer, Barbara;
Touré, Vasundra;
Vazques, Miguel;
Thommesen, Liv;
Kuiper, Martin Tremen R.;
Lægreid, Astrid.
(2020)
Strategies to Enhance Logic Modeling-Based Cell Line-Specific Drug Synergy Prediction.
Frontiers in Physiology
Vitenskapelig artikkel
-
Sofias, Alexandros Marios;
Toner, Yohana C.;
Meerwaldt, Anu E.;
van Leent, Mandy M. T.;
Soultanidis, Georgios;
Elschot, Mattijs.
(2020)
Tumor Targeting by αvβ3-Integrin-Specific Lipid Nanoparticles Occurs via Phagocyte Hitchhiking.
ACS Nano
Vitenskapelig artikkel
-
Flobak, Åsmund;
Niederdorfer, Barbara;
To, Vu;
Thommesen, Liv;
Klinkenberg, Geir;
Lægreid, Astrid.
(2019)
A high-throughput drug combination screen of targeted small molecule inhibitors in cancer cell lines.
Scientific Data
Vitenskapelig artikkel
-
Menden, Michael Patrick;
Wang, Dennis;
Mason, Mike J.;
Szalai, Bence;
Bulusu, Krishna C.;
Guan, Yuanfang.
(2019)
Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen.
Nature Communications
Vitenskapelig artikkel
-
Flobak, Åsmund.
(2017)
Mutasjoner, arv og miljø.
Onkonytt
Populærvitenskapelig artikkel
-
Flobak, Åsmund;
Garcia, Miguel Vazquez;
Lægreid, Astrid;
Valencia, Alfonso.
(2017)
CImbinator: a web-based tool for drug synergy analysis in small- and large-scale datasets.
Bioinformatics
Vitenskapelig artikkel
-
Flobak, Åsmund;
Baudot, Anaïs;
Remy, Elisabeth;
Thommesen, Liv;
Thieffry, Denis;
Kuiper, Martin.
(2015)
Discovery of Drug Synergies in Gastric Cancer Cells Predicted by Logical Modeling.
PLoS Computational Biology
Vitenskapelig artikkel
-
Tripathi, Sushil;
Flobak, Åsmund;
Chawla, Konika;
Baudot, Anaïs;
Bruland, Torunn;
Thommesen, Liv.
(2015)
The gastrin and cholecystokinin receptors mediated signaling network: a scaffold for data analysis and new hypotheses on regulatory mechanisms.
BMC Systems Biology
Vitenskapelig artikkel
INFORMASJONSMATR
-
Flobak, Åsmund.
(2015)
Fant to nye kombinasjoner av kreftmedisiner.
Nettsider (opplysningsmateriale)
-
Flobak, Åsmund.
(2014)
Kombinasjonsbehandling – veien til bedre kreftbehandling for den enkelte?.
Nettsider (opplysningsmateriale)
Formidling
2020
-
IntervjuEgge, Julie Haugen; Flobak, Åsmund. (2020) Slik skal kunstig intelligens gi bedre behandling for kreftpasienter . nrk.no nrk.no [Internett] 2020-12-22
2019
-
PosterZobolas, John; Vázquez, Miguel; Kuiper, Martin; Flobak, Åsmund. (2019) DrugLogics: An ensemble model analysis related to drug prediction performance [version 1; not peer reviewed]. F1000Research 2019, 8:113 (poster). Norwegian Biochemical Society NBS 2019 , Røros 2019-01-24 - 2019-01-27
2018
-
Faglig foredragNiederdorfer, Barbara; Vázquez, Miguel; Thommesen, Liv; Kuiper, Martin; Lægreid, Astrid; Flobak, Åsmund. (2018) Logical model simulations predict drug synergies across different cancer cell lines. International Society for Computational Biology ISMB 2018 , Chicago 2018-07-06 - 2018-07-10
-
Faglig foredragSofias, Alexandros Marios; Ochando, Jordi; Flobak, Åsmund; Mulder, Willem J. M.; Hak, Sjoerd. (2018) Tumor targeting by cRGD-modified nanoparticles is dominated by immune cell hitchhiking. WMIC 2018 2018-09-12 - 2018-09-15
-
PosterSofias, Alexandros Marios; Ochando, Jordi; Grendstad, Kristin; Flobak, Åsmund; Mulder, Willem J. M.; Hak, Sjoerd. (2018) Tumor angiogenesis targeting by cRGD-modified nanoparticles is dominated by neutrophil hitchhiking. ESCDD 2018 2018-04-11 - 2018-04-13
-
PosterTouré, Vasundra; Flobak, Åsmund; Lægreid, Astrid; Kuiper, Martin. (2018) Knowledge management and standard representation of causal statements for systems modeling. JOBIM 2018 , Marseille 2018-07-03 - 2018-07-06
2017
-
IntervjuFlobak, Åsmund. (2017) NRK P1 Trøndelag Forskerpraten 3. april 2017: Om kreftforskning. Radio Radio [Radio] 2017-04-03
-
PosterTouré, Vasundra; Flobak, Åsmund; Lægreid, Astrid; Kuiper, Martin Tremen R.. (2017) Extraction and representation of causal statements: Creating a model building resource for Systems Biology. COMBINE 2017 COMBINE 2017 , Milano 2017-10-09 - 2017-10-13
2016
-
Vitenskapelig foredragFlobak, Åsmund. (2016) DrugLogics: Rationalizing drug combination screening. Internatioanl Conference on Systems Biology Internatioanl Conference on Systems Biology , Barcelona 2016-09-16 - 2016-09-20
-
PosterFlobak, Åsmund; Steigedal, Tonje S.; Thommesen, Liv; Kuiper, Martin Tremen R.; Lægreid, Astrid. (2016) Logical models for drug screen prioritization. European Conference on Computational Biology European Conference on Computational Biology , Den Haag 2016-09-03 - 2016-09-07
2015
-
IntervjuFlobak, Åsmund. (2015) Finner kreftmedisin som virker bedre med mindre doser. Adressa Adressa [Avis] 2015-08-28
-
IntervjuFlobak, Åsmund. (2015) Nye medisinkombinasjoner kan redde liv. NRK P1 Norgesglasset NRK P1 Norgesglasset [Radio] 2015-09-07
-
IntervjuFlobak, Åsmund. (2015) Oppdaget mer effektiv kreftbehandling. Adresseavisen Adresseavisen [Avis] 2015-08-29
2014
-
PosterFlobak, Åsmund; Baudot, Anaïs; Remy, Elisabeth; Thommesen, Liv; Thieffry, Denis; Kuiper, Martin. (2014) Drug synergies in a gastric cancer cell line discovered by signal transduction modeling. Stig Omholt / VPH consortium Virtual Physiological Human Conference 2014 , Trondheim 2014-09-09 - 2014-09-12