Faglig innhold

Emnet gir innføring i bruk av sentrale metoder innenfor bioinformatikk, inkludert sekvenssøking, parvis og multippel alignment, fylogenetisk analyse, genprediksjon og strukturprediksjon. Bruken av metodene settes inn i en systembiologisk sammenheng, og ontologier, storskala-analyser og studier av komplekse systemer vil bli diskutert. Studentene får prøve ut metodene på realistiske problemstillinger gjennom PC-baserte øvinger. Det legges vekt på en tverrfaglig presentasjon og arbeidsform, slik at emnet skal kunne følges både av informatikere og medisinere / molekylærbiologer med de anbefalte forkunnskapene.

Læringsutbytte

Etter fullført og bestått emne skal studenten kunne:
- forklare hovedprinsippene i viktige algoritmer og metoder brukt i bioinformatiske verktøy, inkludert dynamisk programmering, skjulte Markovmodeller og neurale nett
- forklare funksjon og bruk av viktige bioinformatiske verktøy, særlig verktøy for analyser på sekvensnivå (genom, gen, RNA og protein)
- beskrive viktige formater for lagring og utveksling av bioinformatiske data
- beskrive innhold og bruk av viktige bioinformatiske databaser og web-portaler
- beskrive bruken av bioinformatiske verktøy og databaser som basis for systembiologi
- anvende bioinformatiske verktøy og databaser til å analysere relevante molekylærbiologiske data

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger og øvinger (PC-lab). Undervisningen blir gitt i vårsemesteret og starter sent januar/tidlig februar. Eksamen i vårsemesteret er skriftlig, mens eksamen i høstsemesteret vil være muntlig. Undervisningen og eksamen foregår på engelsk.
Timeplanen vil gjøres tilgjengelig på https://timeplan.medisin.ntnu.no/timetable_show.php

Obligatoriske aktiviteter

• Øvinger

Anbefalte forkunnskaper

Basiskunnskaper i molekylærbiologi, statistikk og informatikk.

Kursmateriell

Oppgis ved semesterstart.

Studiepoengreduksjon