Universitetsskolesamarbeidet i Trondheim er organisert med:

• ei styringsgruppe som har det overordnede strategiske og økonomiske ansvaret for samarbeidet som blant annet innebærer å vedta handlingsplan
• et koordineringsutvalg som har det operative strategiske ansvaret og utarbeider forslag til og iverksetter handlingsplanen
• flere prosjektgrupper som har det operative ansvaret for gjennomføring av de ulike satsningsområdene i handlingsplanen
• en daglig leder som er ansvarlig for koordinering, framdrift og informasjon