Vurderingsordning

Faglig innhold

Anvendt bioinformatikk bygger videre på biokjemi og cellebiologi, og kobler biologi sammen med informatikk. I emnet lærer man hvordan biologiske data kan studeres ved hjelp av bioinformatiske verktøy. Emnet starter grunnleggende med å lære mer om bioinformatiske databaser som HGNC, EMBL, UniPRot og NCBI. Emnet tar for seg hvilken informasjon man finner i databasene og hvordan man kan anvende databaser til å finne informasjon til utvikling av nye analysemetoder, nye medisiner eller epidemiologiske undersøkelser. I tillegg så er det en gjennomgang med enkel anvendelse av excel til å strukturere data, forstå filformat, ren tekst kontra tekst med formateringer, statistiske beregninger og praktiske ferdigheter som er nyttige for en arbeidshverdag i grensesnitt mellom mennesker og maskiner. Hovedmålet har vært å gjøre studentene trygge på at de kan mestre en digital verden og forstå at biologiske data, tekstbehandling har sine begrensinger og feilkilder. Videre går emnet inn på enkel bioinformatiske verktøy som sequence extractor, in silico PCR analyser, Primer BLAST, Allignment by Clustal W, BLAST søk og prediksjonsverktøy for å studere mutasjoner. Fokuset i denne delen er analyse av biologiske data fra humane forsøk, og se på koblingen mellom molekylærbiologi, laboratorie analyser og bioinformatiske verktøy for å lære mer om konseptet persontilpasset medisin.

Emnet omfatter også mer om molekylærbiologiske analysemetoder som genererer data til bioinformatiske analyser, og man ser mer på genetikk, mutasjoner og genotyping basert på et utvalg av molekylærbiologiske analysemetoder (PCR, elektroforese, sekvensering).

Emnet anvender også program for å analysere sekvensdata og MEGA - molecular evolutionary genetics analysis anvendes til ulike phylogenetiske undersøkelser - med hovedfokus på prokaryoter.

Læringsutbytte

Kunnskap - studenten:

• har grunnleggende kunnskap om bioinformatiske verktøy
• forstår hvordan ulike bioinformatiske verktøy kan brukes til nukleotid analyser
• har kunnskap om de bioinformatiske metodene som brukes innenfor molekylærbiologi
• forstår hvordan genomer er bygd opp og hvilke egenskaper genomer har
• kan forklare hvordan genomene blir uttrykt og hvordan genekspresjon kan reguleres
• har kunnskap om hvordan bioinformatikk kan bidra til utvikling innenfor persontilpasset medisin

Ferdigheter - studenten:

• kan anvende bioinformatiske verktøy til analyser av nukleotid sekvenser
• kan søke og finne informasjon i databaser
• kan analysere relevante biologiske data ved hjelp av bioinformatiske verktøy

Kompetanse - studenten:

• kan diskutere på et grunnleggende faglig nivå med andre innenfor fagområdet
• har en grunnleggende forståelse av hvilke muligheter som finnes innen fagfeltet
• kan anvende relevante analyseteknikker, metoder og digitale verktøy for å kunne bidra til å løse mange av de utfordringene samfunnet har innenfor diagnostikk, forskning og utviklingsarbeid
• skal kunne arbeide effektivt for å løse konkrete problemstillinger og finne relevant informasjon fra tilgjengelige databaser innenfor gitte ressursmessige rammebetingelser, enten på laboratoriet eller i forskning
• skal kunne samarbeide godt med andre med ulik kompetanse, bakgrunn og egenskaper
• skal kunne bidra konstruktivt i team og arbeidsmiljø med ulike former for mangfold for å nå felles mål og løse utfordringer som krever samhandling på tvers av kunnskapsområder

Læringsformer og aktiviteter

Pedagogiske metoder: Forelesninger med obligatoriske dataøvelser inntil 5 x 4 timer, 4 x obligatoriske innleveringer, forelesninger inntil 10 x 2 timer, Studentens egeninnsats i emnet er beregnet til å være 200 timer, hvorav inntil 70 timer er organisert aktivitet. Obligatoriske arbeidskrav: Obligatorisk deltagelse på dataøvelser og labkurs, godkjente innleveringer.

Obligatoriske aktiviteter

• Obligatorisk arbeidskrav

Mer om vurdering

1 uke skriftlig hjemmeeksamen.

Spesielle vilkår

Anbefalte forkunnskaper

HBIOA1003 Biokjemi med cellebiologi

Studiepoengreduksjon