Ledergruppa i HydroCen inkluderer senterleder, tre vitenskapelige rådgivere, en representant for Energi Norge, og en kommunikasjonsansvarlig i tillegg til senterkoordinator. Under styret ligger også en egen vitenskapelig komité samt en komité dedikert til innovasjon og kommersialisering.

Det er en leder for hver av de fire arbeidspakkene: Vannkraftkonstruksjoner, Turbin og generatorer, Marked og tjenester og Miljødesign. De forskjellige arbeidspakkene har flere prosjekter. Hver arbeidspakke har en teknisk komité med representanter for brukerpartnerne og forskerne.