Oppdrag Mjøsa har som mål å legge til rette for verdiskaping gjennom bærekraftig bruk av Mjøsas ressurser og økosystemtjenester og samtidig opprettholde økosystemets struktur, virkemåte, produktivitet, samfunnskritisk infrastruktur og naturmangfold.
Oppdrag Mjøsa skal derfor være et verktøy for både å tilrettelegge for verdiskaping, vannkvalitet og matsikkerhet, og for å opprettholde miljøverdiene i Mjøsa. 

Målet er å mobilisere andre miljøer og få samdriftsfordeler i alle de aktivitetene som drives for Mjøsas beste. Prosjektet har invitert nasjonale aktører som NGU, NIVA, NINA, Kartverket, SINTEF, Miljødirektoratet, FFI og NVE til å være med.
I tillegg er lokale aktører som Vitensentret Innlandet, Mjøsmuseet og HIAS med.