course-details-portlet

MOL8008 - Bioinformatics Methods for next Generation Sequencing Analysis

Om emnet

Vurderingsordning

Vurderingsordning: Hjemmeeksamen
Karakter: Bestått/Ikke bestått

Vurderingsform Vekting Varighet Hjelpemidler Delkarakter
Hjemmeeksamen 100/100

Faglig innhold

Kurset vil gi en introduksjon til bioinformatiske metoder og verktøy for dataflyt brukt i analyse av Next Generation Sequencing (NGS) data. Hovedvekt vil bli lagt analyse av transkribert kodende og ikke-kodende RNA fra RNA-Seq, og transkripsjonsfaktorer og epigenetiske markører fra ChIP-Seq. Kurset vil dekke typiske strategier, metoder og dataflyt brukt i analyse av slike data. Dette inkluderer mapping til referansegenom, identifisering av interessante elementer og statistisk analyse. I tillegg vil biologisk tolkning av resultatene fra slike analyser bli presentert gjennom studier fra vitenskapelige tidsskrifter.

Læringsutbytte

Etter fullført emne skal studenten kunne:
1. Lage og gjennomføre dataflyt prosedyrer for de introduserte emnene
2. Ha en oversikt over typiske verktøy som brukes for ulike oppgaver i NGS
3. Ha en oversikt over typiske biologiske problemstillinger man studerer ved bruk av NGS
4.Kunne assistere i design og implementering av NGS studier på sin egen arbeidsplass.

Læringsformer og aktiviteter

På grunn av mulige tilreisende studenter, vil kurset begynne med en ukes intensiv undervisning, etterfulgt av en lengre periode med selvstudium og prosjektarbeid. Deretter vil studentene møtes igjen for presentering av sitt prosjekt. Evalueringen av prosjektarbeidet vil fungere som eksamen, og vil bli gitt karakterene bestått/ikke bestått.

Obligatoriske aktiviteter

  • Oppmøte på forelesninger
  • Fremlegg

Mer om vurdering

Gjentak av eksamen. Hvis studenten har gjennomført intensiv undervisingsuke og tilhørende øvinger, kan han levere ny prosjektrapport til vurdering påfølgende år uten å delta på undervisningsuka.

Spesielle vilkår

Vurderingsmelding krever godkjent undervisningsmelding samme semester. Obligatorisk aktivitet fra tidligere semester kan godkjennes av instituttet.

Forkunnskapskrav

Mastergrad i relevante fagområder. Fullført medisinstudium (uten turnus) eller medisinstudenter tatt opp på Forskerlinjen. Andre med annen / lavere kompetanse etter individuell vurdering.

Kursmateriell

Vitenskapelige publikasjoner. Handouts av forelesninger.

Flere sider om emnet

Ingen

Fakta om emnet

Versjon: 1
Studiepoeng:  7.5 SP
Studienivå: Doktorgrads nivå

Undervisning

Termin nr.: 1
Undervises:  HØST 2019

Undervisningsspråk: Engelsk

Sted: Trondheim

Fagområde(r)
  • Molekylærmedisin
  • Medisinsk teknologi
  • Bioinformatikk
Kontaktinformasjon
Emneansvarlig/koordinator: Faglærer(e):

Ansvarlig enhet
Institutt for klinisk og molekylær medisin

Telefon:

Eksamensinfo

Vurderingsordning: Hjemmeeksamen

Termin Statuskode Vurderings-form Vekting Hjelpemidler Dato Tid Digital eksamen Rom *
Høst ORD Hjemme-eksamen 100/100 INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
Vår ORD Hjemme-eksamen 100/100 INSPERA
Rom Bygning Antall kandidater
  • * Skriftlig eksamen plasseres på rom 3 dager før eksamensdato. Hvis mer enn ett rom er oppgitt, finner du ditt rom på Studentweb.
Eksamensinfo

For mer info om oppmelding til og gjennomføring av eksamen, se "Innsida - Eksamen"

Mer om eksamen ved NTNU