Men samtidig ser professoren også en del mulige negative følger av å opprette et slikt fakultet. Stortingsvedtaket oppmuntrer til tverrfaglig samarbeid innen hele universitetet, da kan det gi gal signaleffekt å plassere hovedansvaret for å tenke samarbeid hos en bestemt enhet. Dessuten frykter Sørensen at det tverrfaglige fakultetet kan bli oppsamlingsplass for fagmiljøer man ellers ikke finner noen naturlig plass til i systemet. Det er heller ikke sikkert at et Fakultet for tverrvitenskap vil passe inn i en organisasjon der det først og fremst er snakk om å redusere antall fakulteter.
Men uansett om tverrvitenskapene får sitt eget fakultet eller ikke, mener Sørensen at det vil være behov for en organisatorisk overbygning over flerfaglige tiltak i NTNU. Han peker på at det i praksis har vist seg vanskelig å få samarbeids-tiltak til å fungere når de har vært knyttet opp mot noen av UNITs nåværende fakultet. Derfor mener professoren at det trengs en organisatorisk enhet i universitetsadministrassjonen som kan fungere som fødselshjelper og rugekasse for sentre, programmer og andre flerfaglige tiltak.