Idun Maria Tokvam Burgos
Om
Prosjekt: Modellering og optimalisering av mikrobielle konsortier som produserer mellomkjede karboksylater av cellulose
Mellomkjedede karboksylater, som kaproat og kaprylsyre, er produkter med et bredt spekter av bruksområder, inkludert som insektmidler og (etter omdannelse) som drivstoff eller medisin. De kan produseres gjennom karboksylatplattformen, der et mikrobielt bakteriesamfunn bryter ned cellulose og fermenter sukkerkomponentene. Spesiene i et slikt samfunn lever i forskjellige typer symbiose og kan samarbeide ved å utveksle metabolitter eller konkurrere om begrensede ressurser. Mikrobielle samfunn eksisterer i alle kroker og kroker i verden, inkludert magen til virveldyr og jord. Deres effektive samarbeid, stabilitet mot forstyrrelser og et bredt spekter av metabolske funksjoner gjør dem ideelle for bruk i komplekse prosesser, for eksempel i karboksylatplattformen.
Motivasjonen bak prosjektet er å utnytte resursene i bioavfallet som produseres hvert år, som ellers sendes til deponi. Det er et samarbeid kalt Cell4Chem under ERA CoBiotech -paraplyen, med partnere i Tyskland, Frankrike, Spania og Slovenia. Min oppgave er å generere og bruke matematiske metabolske modeller i genomskala for å veilede utformingen av det ideelle mikrobielle samfunnet.
Veileder: Daniel Machado
Publikasjoner
2025
-
Burgos, Idun Maria Tokvam;
Øyås, Ove;
Perret, Stéphanie;
Fierobe, Henri Pierre;
Machado, Carlos Daniel Moutinho Luz.
(2025)
Genome-scale metabolic modeling of Ruminiclostridium cellulolyticum: a microbial cell factory for valorization of lignocellulosic biomass.
mSystems
Vitenskapelig artikkel
2024
-
Kobel, Carl Mathias;
Merkesvik, Jenny;
Burgos, Idun Maria Tokvam;
Lai, Wanxin;
Øyås, Ove;
Pope, Phillip.
(2024)
Integrating host and microbiome biology using holo-omics.
Molecular Omics
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
2022
-
Simensen, Vetle;
Schulz, Christian;
Karlsen, Emil;
Bråtelund, Signe;
Burgos, Idun Maria Tokvam;
Thorfinnsdottir, Lilja Brekke.
(2022)
Experimental determination of Escherichia coli biomass composition for constraint-based metabolic modeling.
PLOS ONE
Vitenskapelig artikkel
Tidsskriftspublikasjoner
-
Burgos, Idun Maria Tokvam;
Øyås, Ove;
Perret, Stéphanie;
Fierobe, Henri Pierre;
Machado, Carlos Daniel Moutinho Luz.
(2025)
Genome-scale metabolic modeling of Ruminiclostridium cellulolyticum: a microbial cell factory for valorization of lignocellulosic biomass.
mSystems
Vitenskapelig artikkel
-
Kobel, Carl Mathias;
Merkesvik, Jenny;
Burgos, Idun Maria Tokvam;
Lai, Wanxin;
Øyås, Ove;
Pope, Phillip.
(2024)
Integrating host and microbiome biology using holo-omics.
Molecular Omics
Vitenskapelig oversiktsartikkel/review
-
Simensen, Vetle;
Schulz, Christian;
Karlsen, Emil;
Bråtelund, Signe;
Burgos, Idun Maria Tokvam;
Thorfinnsdottir, Lilja Brekke.
(2022)
Experimental determination of Escherichia coli biomass composition for constraint-based metabolic modeling.
PLOS ONE
Vitenskapelig artikkel
Formidling
2024
-
Faglig foredragBurgos, Idun Maria Tokvam; Øyås, Ove; Machado, Carlos Daniel Moutinho Luz. (2024) Elucidating the roles of bacteria in cellulose- and xylan-enriched communities with genome-scale metabolic models. Norwegian Bioinformatics Days 2024 , Bergen, Norway 28.05.2024 - 30.05.2024
-
PosterStallvik, Andrea; Burgos, Idun Maria Tokvam; Machado, Carlos Daniel Moutinho Luz. (2024) Designing microbial consortia using metabolic modelling – possibilities and limitations. Norwegian Bioinformatics Days 2024 , Bergen, Norway 28.05.2024 - 30.05.2024
2022
-
PosterBurgos, Idun Maria Tokvam; Machado, Daniel. (2022) Modeling The Conversion Of Lignocellulose Into Medium-chain Carboxylates. ISME 18 , Lausanne, Switzerland 14.08.2022 - 19.08.2022