TBT4165 - Systembiologi og biologiske nettverk

Om emnet

Vurderingsordning

Vurderingsordning: Mappevurdering
Karakter: Bokstavkarakterer

Vurderingsform Vekting Varighet Hjelpemidler Delkarakter
Arbeider 50/100 D
Skriftlig eksamen 50/100 3 timer D

Faglig innhold

Emnet gir en innføring i hvordan systembiologiske metoder brukes til å modellere og analysere cellulære nettverk, med sterk relevanse for syntetisk biologi og iGEM konkurransen. Faget har spesiell fokus på (1) biologiske interaksjons nettverk og (2) cellulær metabolisme på genom nivå. Studentene vil tilegne seg materialet gjennom forelesninger, praktiske øvingsoppgaver og PC-basert lab. Det legges vekt på en tverrfaglig presentasjon og arbeidsform, slik at emnet skal kunne følges både av informatikere, biologer, kjemikere og fysikere.

Læringsutbytte

Ved avsluttet undervisning skal studentene kunne:
- Forklare grunnleggende begrep, modeller og statistiske mål for å karakterisere egenskaper til generelle nettverk, samt bruke programmet Cytoscape til å analysere empiriske nettverk.
- Forklare grunnleggende begreper, prinsipper og metoder innen metabolic engineering.
- Gjøre rede for organiseringen og konstruksjon av genom-skala metabolske nettverk, forklare prinsippene for constraint-based analysis (spesielt Flux Balance Analysis), samt beherske COBRA toolbox i MatLab for numerisk analyse av empiriske modeller.

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger, oppgaver og øvinger (PC-lab). Emnet undervises på engelsk.

Obligatoriske aktiviteter

  • Øvinger
  • Datalab

Mer om vurdering

Mappeevaluering gir grunnlag for sluttkarakter i emnet. I mappen inngår skriftlig eksamen (50 %) og arbeider (50 %). Resultatet for delene angis i %-poeng. Vurdering for hele mappen (sluttkarakteren) angis med bokstavkarakter. Ved utsatt eksamen må hele mappen tas opp. Ved utsatt eksamen kan også skriftlig eksamen bli endret til muntlig eksamen.

Spesielle vilkår

Vurderingsmelding krever godkjent undervisningsmelding samme semester. Obligatorisk aktivitet fra tidligere semester kan godkjennes av instituttet.

Kursmateriell

E.O.Voit "A First Course In Systems Biology" (2012).

A.-L. Barabási "Network Science" (2016).

Kompendium.

Eksamensinfo

Vurderingsordning: Mappevurdering

Termin Statuskode Vurderingsform Vekting Hjelpemidler Dato Tid Rom *
Vår ORD Arbeider 50/100 D
Vår ORD Skriftlig eksamen 50/100 D
  • * Skriftlig eksamen plasseres på rom 3 dager før eksamensdato.
Hvis mer enn ett rom er oppgitt, finner du ditt rom på Studentweb.