Einar Ryeng

Jeg er bioinformatiker og jobber på kjernefasiliteten for genomikk (GCF) og bioinformatikk- og genreguleringsgruppen (BiGR). For tiden arbeider jeg primært med analyse av gensekvensdata, genekspresjonsforsøk og SNPer.

Sekvensanalyse

BiGR jobber med sekvensanalyse på prokaryote og eukaryote genomer, med særlig fokus på genregulatoriske regioner. I tillegg er vi involvert i blant annet metagenomikk og human mikroRNA-analyse. GCF er i ferd med å sette opp en sekvenseringslab, og jeg jobber sammen med Arnar Flatberg om bioinformatikkdelen av dette.

Kjernefasiliteten for genomikk

Genomics Core Facility er en kjernefasilitet ved Det medisinske fakultet (DMF) og trondheimsnoden i det nasjonale genomikk-konserortiet. GCF kjører genekspresjonsforsøk og SNP genotypingforsøk, begge deler i hovedsak på Illuminas mikromatriseplattform. Mikromatrisedata er i utgangspunktet høydimensjonale, og en av de primære oppgavene i dataanalysen er å plukke ut relevante enkeltgener og pathwayer fra dette.

E-infrastruktur for forskning

Arbeid med gensekvenser stiller en del særegne krav til infrastruktur. Det som kjennetegner og skiller bioinformatikk fra andre beregnings- og lagringsintensive fagfelt er i hovedsak 1) at vi bruker mange flere ulike programmer/biblioteker enn andre tungregnebrukere og 2) at dataene vi jobber på ofte er helt eller delvis sensitive fordi det inngår humane gendata. Både lokalt og nasjonalt jobbes det med å få satt opp ressurser som tilfredsstiller kravene til dette. Jeg jobber med oppsettet for lagring og beregning for sekvenseringsdata lokalt, og er med i diskusjonen rundt tilsvarende nasjonale oppsett slik som f.eks. StoreBioInfo.

Undervisning

Jeg underviste i 2011 i fagene MOL8003/MOL8004 (Microarray technology and data anlysis) og IT1103 (Programmering grunnkurs). I 2012 har jeg undervist i MOL8003/MOL8004. Bioinformatikkplattformen avholder iblant også ikke poenggivende kurs i gendataanalyse.